机群停飞
迫不及待地将这款战斗机投入使用的迫切性有一个明显的缺点，那就是考虑到维护安全时，仍然需要学习。自2016年9月16日起，由于飞机的航空电子设备冷却线出现问题，美国空军被迫将15架F-35A飞机停飞，其中包括10架作战飞机。这个问题同样适用于42架在德克萨斯州沃斯堡生产线上的飞机。停飞的飞机中有十架来自34FS中队。
奥格登航空后勤中心在基地级维修期间发现了这一问题，据说可能导致燃料污染。洛克希德.马丁公司将派遣战地团队和进一步的基地级维修来纠正这些飞机上的问题，这些问题是由分包商的错误安装而导致的，只影响某些飞机。似乎更让人担忧的是，2016年9月23日，从卢克部署到芒廷霍姆参与演习的7架F-35战机中，有一架在发动机启动时起火。据说大火很快就被扑灭了，飞行员和三名维修人员被送往医院接受治疗，以防万一。大火后来被认为是由强劲的顺风引发的。
2017年，英国雷肯希斯空军基地的停机坪上，一架F-35A正在等待下一次任务。
火灾已经损坏了至少3架F-35A，包括2011年的AF-4号试验机，它的霍尼韦尔综合动力装置出现故障。2014年，58FS中队的AF-27号机在埃格林遭遇引擎失火，至今仍无法修复。虽然事故当然会发生在任何一架现役飞机的身上，但这并不能缓解人们对在一整套测试完成之前建造和部署这么多F-35的风险和担忧----可能需要大规模的补救工作来解决这些问题。然而，这一论点可能会被这样一个事实所反驳：现役飞机的激增只会以更快的速度提升F-35的使用体验。在一个更传统的测试程序中，火灾问题可能从来没有这么早就遇到过。
步入正轨
2017年10月31日，2架F-35A降落到日本冲绳岛的嘉手纳空军基地，标志着美国空军闪电II迄今为止最重大事件的开始。这是开始向太平洋地区部署12架飞机，为期6个月，这一地区最近从未远离头条新闻。作为新太平洋空军司令部(PACAF)战区安全计划(TSP)的一部分，犹他州希尔空军基地派出了“HL”尾码的闪电II，并由34FS中队“公羊”率领。不过，这12架飞机是由现役388FW联队和空军预备役司令部419FW联队联合提供的。
希尔的F-35A与米尔登霍尔100ARW联队的KC-135R加油机对接加油。
美国空军表示，此次部署是为了“显示美国对该地区稳定与安全的持续承诺”----300名空军官兵从希尔空军基地向西飞行，这是一项重大努力。前两架飞机在参加首尔航空航天和国防展览会的主要一方之前抵达。到11月2日，剩下的10架飞机已经在嘉手纳就位，准备开始与常驻的18W联队(包括两支现役F-15C中队)的单位一起飞行。太平洋空军司令特伦斯.奥肖内西(Terrence J O'Shaughnessy)将军评论说：“F-35A为联合作战人员提供了前所未有的全球精确攻击能力，以应对当前和正在出现的威胁，同时补充了我们的空中优势。这款飞机非常适合履行我们司令部的义务，我们期待将其融入我们的训练和行动中。”
嘉手纳为期6个月的部署结束后，整个4月份都是在英国雷肯希斯基地度过的。六架飞机在没有任何提前告知的情况下抵达萨福克基地，但4月15日，剩下的飞机大张旗鼓地降落了，四天后又来了2架。这次东移得到了一架C-5和C-17的支援，从希尔运来了大约200名地勤和他们的装备。“公羊”中队在493FS中队“死神”的F-15C/D驻地旁边建立了一支分遣队，与他们的东道主一起执行当地任务。当希尔的飞机于英国降落时，这标志着美国空军首次向欧洲部署F-35A的海外训练。卢克基地56FW联队的F-35在2016年参加了皇家国际航空纹身会，但他们来这里的目的只是为了航展。毫无疑问，雷肯希斯之行是向日本进行更大规模、更长时间部署的先兆，而在这一年里，希尔的工作人员却异常忙碌。美国空军正在真正地把最新的战斗机投入使用。
抵达嘉手纳后，388OSS作战支援中队作战指挥官迈克尔.阿尔布雷希特(Michael Albrecht)中校与34FS中队指挥官马修.约翰斯顿(Matthew Johnston)中校握手。
