武器站(挂点)和挂载
每一款F-35亚型号都有11个挂点，编号从1号(左外侧挂架)到11号(右外侧挂架)。它们包括1号和11号挂点上的空对空导弹导轨；每个机翼下的两个内部挂点(左侧2号和3号，右侧9号和10号)，可携带副油箱或武器；机身下中线挂点(6号)；4个内部武器舱挂点(左侧4号和5号，右侧7号和8号)。5号和7号挂点位于每个武器舱的内门，专门用于空空导弹的挂载。这11个挂点对所有亚型号都是通用的。
F-35A常规起降型和F-35C舰载型号都有类似大小的武器舱，可携带2000磅级武器或小型弹药。F-35B短距起飞/垂直降落型有一个更小的内部武器舱，能够携带1000磅级的弹药。在这三种亚型号里，F-35A常规起降型是唯一一款配备内部四管GAU-22/A 25毫米加特林炮的型号。F-35B短距起飞/垂直降落型和F-35C舰载型可以携带一个外部航炮吊舱，包含相同的加农炮和220发25毫米炮弹。Block 2B版本软件支持的武器、发射器、托架组件和炸弹挂架架详见下文，从AMRAAM导弹开始
2014年1月10日，461FTS中队的F-35A AF-10在加州上空执行GBU-12激光制导炸弹飞行品质测试任务
AIM-120C先进中距空对空导弹
F-35的主要空对空武器是雷声的AIM-120(AMRAAM：Advanced Medium-Range Air-to-Air Missile)超视距(BVR：Beyond Visual Range)雷达制导导弹。AIM-120有四个固定的中置弹翼、四个电驱动的尾部弹翼和一个脐带电缆（pk注：就是我们常说的外露电缆盒）连接，可以与飞机进行定位瞄准和初始化。导弹由制导、武器、推进和控制四部分组成。
制导部分配备了目标捕获和跟踪、导航、数据链处理和电力分配所需的硬件和软件。引导头/动作电子设备、发射机/电转换单元(ECU：Electrical Conversion Unit)、电子单元、惯性参考单元(IRU：Inertial Reference Unit)，一个方形/目标检测设备(QTDD：Quad/Target Detection Device)也安装在制导部分。方形/目标检测设备的天线安装于制导段的后部。AIM-120使用雷达近炸引信，在距目标预设距离处激活高爆战斗部。
该导弹安装了一台火箭发动机，减少烟雾的端羟基聚丁二烯固体推进剂被包裹在一个绝缘的钢外壳中，这是弹体的一个组成部分。控制部分主要由控制电子元件、执行器电池和四个独立控制的动作执行器组成。AIM-120C的重量为356磅(161千克)，长度为144英寸(3.7米)，直径为7英寸(180毫米)，翼展和弹翼的跨度为17.5英寸(444毫米)，破片战斗部重量为45磅(20千克)。
AIM-120C主动中距弹。
GBU-12铺路II激光制导炸弹
GBU-12铺路II是一种500磅(227千克)级别的激光制导炸弹，使用Mk82/BLU-111破片战斗部。导引头安装在高爆战斗部的前部，后方折叠弹翼(翼面)在投放时打开，以保持稳定性并增加灵活性。下落时，GBU-12弹头安装的半主动激光导引头跟踪F-35的AAQ-40光电瞄准系统、前进空中管制员或无人机发射的激光光束。在飞行过程中，弹翼会进行调整，以确保精确撞击目标。铺路II系列还有“砰砰模式(双模式)导航”。GBU-12长131英寸(3.32米)，重606磅(275千克)，弹体直径10.75英寸(273毫米)，弹翼直径18英寸(457毫米)。
GBU-12激光制导炸弹。
GBU-31联合直接攻击弹药
JDAM是一种制导装置(其中包括一个系列，分别是KMU-556、KMU-557和KMU-558)，可将现有的无制导自由落体2000磅级战斗部转换为精确的全天候弹药。每个不同的制导装置包括一个尾翼套件(配备一个惯性导航/GPS接收器)、电池、一组提供升力的气动表面(活动翼片)和一个脐带电缆。
F-35各亚型号的武器站/挂点。
尾部弹翼套件，也有选择性的反欺骗模块，用螺栓固定在四种不同类型的2000磅级战斗部上，即Mk84、BLU-109穿透型战斗部或BLU-117和BLU-119破片型战斗部。GBU-31 JDAM可以从不同的高度从很低到很高)和不同的方式投放：俯冲、投掷和俯仰，或者直线和水平飞行。根据飞机的投放速度和高度，GBU-31的最大射程可达15英里(24千米)。
GBU-31的规格取决于战斗部。Mk84战斗部的GBU-31(V)1(空军)和GBU-31(V)2(海军)长152.7英寸(3.88米)，重2039磅(924千克)，弹体直径25英寸(635毫米)。BLU-109战斗部的GBU-31(V)3(空军)和GBU-31(V)4(海军)长148.6英寸(3.77米)，重2118磅/2138磅(960kg/969kg)，弹体直径25英寸(635毫米)。BLU-117/BLU-119战斗部的GBU-31(V)2(海军)/GBU-31(V)5(空军)长152.7英寸(3.88米)，重2059磅(933千克)，弹体直径25英寸(635毫米)。
BLU-109穿透型战斗部的GBU-31联合直接攻击弹药。
