电子战系统
F-35闪电II从一开始就设计有自己的电子战(EW：Electrical Warfare)系统，使其能够控制空气和电磁频谱。该系统由新罕布什尔州纳舒亚BAE系统公司领导的电子战专家团队开发。它与航空电子、通信、导航和智能(CNI)以及传感器系统共同构成了飞机设计的一部分。
虽然F-35将取代的所有使用电子战系统的机型，而且其中一些系统十分有能力去应对当前的威胁，但F-35的AN/ASQ-239使其能够有效地与所有其它机载系统集成，每个系统都能够通知和作战互通。飞机网络还可以通过其内置的多功能高级数据链连接到更大的多单元网络、其它飞机或地面平台，使得电子战系统能够在攻击或防御中联网。
BAE系统建造的机身内安装的AN/ASQ-239“梭鱼”电子战系统于2005年完成飞行测试，不久后投入小批量初始生产，单位成本估计为170万美元。它重量约200磅(90千克)，是基于F-22猛禽上的BAE系统AN/ALR-94电子战套件开发的，并结合了所谓“最新兴”的技术，以提高性能，目标是以四分之一的成本实现两倍的可靠性。ASQ-239系统提供雷达预警(增强了对雷达辐射源的分析、识别和跟踪)和多频谱对抗措施，以对抗雷达和红外制导威胁。它还能够进行电子监视，包括雷达的地理位置，使得F-35能够自主或作为整个网络的一部分，躲避、干扰或攻击雷达。
此图显示分布式孔径系统巴探测和跟踪到的目标信息反馈至全景座舱显示器。
ASQ-239被加强的能力(以及与F-35其它系统的集成)允许它进行信号情报(SIGINT)收集。这种飞机的隐身能力使F-35能够进行被动探测和信号情报搜索，同时更接近威胁辐射源，同时降低遭到攻击的可能性。当需要进行有源欺骗干扰时，飞机的隐身设计允许假目标生成和远距离探测，而且功耗更低。
电子战系统还可以通过多功能高级数据链发送和接收来自其它机载系统的数据、状态和警告信息。ASQ-239有10个专用探头：机翼前缘6个，后缘2个，平尾后缘2个。该系统还可以使用喷气式飞机上的其他探头，最显著的就是APG-81有源相控阵雷达；除了与APG-81一起工作外，雷达阵列在发射时还可以作为防区外干扰机工作，但仅限于高功率情况下。
仅使用接收模式工作时，APG-81提供了增强的行信号情报搜集能力，并且在未来升级后也可以用作电子攻击武器。使它能够以纯功率烧毁发射装置，或将敌方雷达或指挥控制系统的位置输入计算机，从而提供虚假目标、误导信息或导致敌方系统关闭。把这些能力和飞机的数据链结合起来，F-35可以在防御威胁的同时阻塞或攻击敌人的辐射源。
一支F-35多机编队能够从多个方向收集信号，然后分析收集到的信息，以发射导弹、启动干扰或发动电子攻击。数据链意味着F-35可以将信息以近乎实时的方式发送到其他平台，并在“机外”协调行动，与坐在F-35的座舱里相比，这样可以更方便地获取综合情报，提高态势感知能力，减少致命信息过载的机会。513EWS电子战中队是2010年在佛罗里达州埃格林空军基地组建的53EW电子战大队的一部分，任务是从作战层面上引进F-35的电子战能力。513EWS是一支联合中队，拥有来自美国各个军种的人员，与33FW联队(F-35飞行员和机务训练单位)驻扎在一起。
诺斯洛普BAC 1-11测试平台上的APG-81有源相控阵雷达。
该中队将最新的军事情报与强大的虚拟电子战范围相结合，为每种F-35亚型号创建经过实战测试和验证的作战能力任务数据。F-35将在电子战中使用的战术、技术和程序由513EWS中队开发，该系统还将提供和更新威胁库和系统编程，以使F-35的系统能够对不断变化的威胁做出反应。为了做到这一点，513EWS中队在埃格林搭建了一个新的3亿美元的再编程实验室，该实验室于2011年中投入使用。
第七章 金色透明度
GKN航天透明系统总部位于加州加登格罗夫，是该领域的行业领导者。透明度是一个术语，用于任何类型的飞机窗户，风挡或遮阳板。GKN在这一领域的地位至关重要的是先进的低可探测性透明涂层、专利层压工艺以及F-35闪电II光学系统的研发。涂层、层压和光学元件是控制空战的基本要素。GKN的工作旨在降低寿命周期成本，该公司还开发了一套备件和返工系统，这将进一步有利于F-35项目。为了满足F-35的设计要求，在飞机的系统开发和演示阶段提出了重大挑战。GKN公司与洛克希德马丁公司共同设计、开发和选择材料。飞机制造商负责设计和生产透明的框架及其与飞机的接口和透明度。
F-35的座舱盖是一个整体，向前开放的设计特点是一个综合框架。
