即便是把伊朗帝国空军的名字换成伊朗伊斯兰共和国空军，同时将现役人员减半后，新政权依旧对这支国王引以为傲的力量深有疑虑，他们对倒台的国王忠贞不移。
同时，新政权开始敌视伊朗的重要盟友----美国。革命政府内的很多人不能理解为何要花费如此多的财力来维持这样一群复杂而又昂贵的飞机。"我们需要它们做什么？"这是在当时的伊朗经常能听到的问题。接下来，他们声明"我们不会攻击任何人。"
1970年代中期，一架F-4E正在梅赫拉巴德机场上滑行，背景是一架C-130。早期的伊朗F-4E都是Blk46和47批次，后来接受改造，安装了前缘缝翼并升级为556型座舱。
这个问题立刻就得到了答案，即便伊朗不打算攻击它的邻居，但是它的邻居们即将展开进攻。很快，伊朗空军将得到召唤，于保卫伊朗的战斗中扮演决定性的角色。所有花费巨资购买的飞机----特别是F-4----将在各种怀疑声中证明它们的价值。
1980年，伊朗空军拥有3种不同型号的鬼怪II，它们包括了29架F-4D、162架F-4E和至少17架(也许是19架)RF-4E，这些飞机成为了伊朗空军的中坚力量。
继承了前帝国空军剩下的装备，新的共和国空军采用了新的标识----一只红色的凤凰。然而，伊朗伊斯兰共和国空军只有一部分是"新的"。因为它的构架没有改变，即便在与伊拉克展开长达八年的战争中也是如此，那场战争里，伊朗损失了大量的飞机。
这张F-4E 75-0250的照片拍摄于飞机交付给伊朗后不久，但并未分配给所属单位，因此，上面还没有刷上伊朗空军的编号和基地编号。
101TFS中队驻扎于伊朗东南部的恰赫巴哈尔(Chabahar)，但是战争爆发后，该中队的飞机则被派去补充前线的消耗，并于战争结束后装备F-4D，作为鬼怪II机群的作战训练单位重新开始运作。
整个两伊战争期间，伊朗空军这种构架和基地部署都没有改变，但31TFW联队有一支中队被部署到迪兹富勒(Dezful)附近的瓦赫达提(Vahdati)基地(TFB4)，91TFW联队则被调去增援西部前线。F-4D经常根据要求从一座基地转移到另一座基地，可是它们中队所属番号没有改变。例如，部署到瓦赫达提的F-4D作战单位依旧称作306TFS中队，中队长是雷扎.默罕默德(Reza Mohamad)上尉。
伊朗空军装备的第三种鬼怪II也是人们了解最少的----照相侦察型RF-4E。官方公布的数据中，只有16架新造的机体于1971至79年间交付给伊朗，它们的装备非常高级，其中的大多数----至少在1970年代初是如此----按照合同的规定由美国空军的飞行员驾驶。那时，美国和伊朗空军沿着伊朗边境执行秘密侦察任务，搜集苏联雷达站和空军基地的情报。
这些飞行的目的是为了帮助战略空军司令部找出苏联雷达和防空系统的弱点，以便在战争爆发后能适时地展开深入苏联腹地的轰炸任务。
肖霍尼亚(Shokhounia)少校是伊朗空军RF-4E飞行员中的一员，他阵亡于两伊战争早期阶段。作为一名年轻的鬼怪II飞行员，1973年11月，他卷入了苏联上空的一场传奇事件，当时，一架苏联米格-21撞击了他的座机，导致肖霍尼亚和他的美国领航员桑德斯上校于苏联境内跳伞。照片中令人感兴趣的是他的胸前伊朗空军11TRS中队的队章。
在1973年11月的一次侦察行动中，伊朗空军的鬼怪II机群遭受了首例战损，一架RF-4E被苏联米格-21撞毁。至1978年，至少有两架RF-4E，也许是3架，损失掉了----一架于1977年在也门坠毁，另一架损失于飞行事故。而且在沿苏联边境侦察时也难免遭受损失。此外还有一架侦察型的鬼怪II于1974至75年的训练中坠毁。