例如，在战争爆发前几天，曾为马苏德工作的巴拉特准将驾驶一架米-17从喀布尔飞往一个山区藏身处，把直升机一直存放在那里，直到战斗结束。这架514号机随后被空运回首都，继续在新成立的阿富汗国民军空军服役。类似地，在阿富汗西部，地勤们成功地隐藏了两架正在作战的米格-21，以至于联军空军没有注意到它们。
清除了阿富汗天空中塔利班的潜在威胁后，联军将空袭重点转移到塔利班民兵的集结地、装甲部队和防御阵地上，以便让反塔利班的部队能够开始进攻。然而，在最初几周的轰炸中，塔利班表现出了巨大的损失承受能力，空袭行动几乎持续了整整一个月，直到塔利班的前线突然开始崩溃。当这一切最终发生时，联合阵线以惊人的速度取得了胜利：在2001年11月初的短短几天时间里，反塔利班领导人的“老近卫军”几乎征服了除普什图南部地带以外的所有主要城市。
众所周知，塔利班在喀布尔和坎大哈地区部署了SA-13。如图所示，虽然在喀布尔的装备刷上了一种由沙色、棕色、绿色和黑色组成的新迷彩，但保护坎大哈机场的装备在运往阿富汗之前是单一的绿色涂装。
阿卜杜勒.拉希德.杜斯塔姆和他的主要对手阿塔.穆罕默德.努尔夺回了马扎里沙里夫，伊斯梅尔.汗----不仅在美国特种部队的帮助下，而且在与美国人协调的伊朗圣城旅(隶属伊斯兰革命卫队)的帮助下驱逐了赫拉特的塔利班，伊斯兰社会党的将军巴巴.扬夺回了巴格拉姆周围地区，他的战友穆罕默德.达乌德.达乌德占领了塔鲁坎，统一党的卡里姆.哈利利控制了巴米扬，出人意料的是，塔利班风一般地逃往南部，而没有进行任何抵抗，伊斯兰社会党的部队于11月13日兴高采烈地进入喀布尔。
因此，位于普什图南部地区之外的塔利班部队突然瓦解，士气低落，既无法进行常规前线战斗，也无法组织任何游击战。许多在北部服役的普什图族指挥官带着士兵逃到山区，试图抵达南部省份，而其他许多人----特别是那些在接受贿赂后于1990年代末加入塔利班的人----叛逃回反塔利班反对派，他们的领导人以典型的阿富汗方式欢迎其中的绝大多数人，没有遇到很多问题。
唯一留在塔利班手中的北方城市是昆都士，那里有大量国际穆斯林圣战者、巴基斯坦和基地组织的恐怖分子在避难，并挡住了联合阵线部队夺取该城的一切企图。最终，在联军进行了数天的空袭后，塔利班指挥官才同意投降。当时，该城的非阿富汗武装人员打算战斗到最后一人。一些可靠的报道表明，在昆都士陷落前的几周，巴基斯坦空军的C-130从被围困的阿富汗城市空运了多达5000名巴基斯坦人和其它国家的国民到巴基斯坦吉尔吉特和奇特拉尔的巴基斯坦空军基地。这次行动中，巴基斯坦武装部队不仅拯救了三军情报局和巴基斯坦武装部队的成员，还拯救了塔利班和基地组织的指挥官，以及其它穆斯林国家为的塔利班和基地组织而战的外籍武装分子，然而，巴基斯坦和美国都否认曾发生过一些西方媒体所谓的“邪恶空运”行动。
据五角大楼称，在持久自由行动的最初几个小时里，塔利班防空部队确实向联军飞机发射了几枚地空导弹。这座SA-3导弹阵地在坎大哈机场的空袭中被摧毁。照片摄于2002年1月。
在南部，塔利班的抵抗更为强硬，当地的反塔利班武装比北部的联合阵线指挥官弱得多。联军又进行了一个月的战斗和空袭，才将首都坎大哈交给哈米德.卡尔扎伊、古尔.阿加.谢尔扎伊和毛拉.纳奇布拉.阿訇的部队。纳奇布拉曾于1994年向塔利班交出部队和武器人。塔利班在1995年和1996年征服阿富汗南部时使用贿赂的策略最终被证明是他们的关键弱点：许多没有积极性的塔利班指挥官在获得适当报酬后，头也不回地带着整支部队投靠美国阵营，把枪口转向仍在抵抗的塔利班残余力量。
虽然数千名塔利班普什图族武装分子向联合阵线投降，其中一些人甚至加入了新“主人”的民兵组织，但人数少得多的塔利班武装分子----包括基地组织的恐怖分子----逃到巴基斯坦边境的高山上发动游击战，未来的几年，游击战将席卷该国大片地区。然而，从严格的军事角度来看，持久自由行动的初始阶段取得了巨大的成功：在几个月的时间里，塔利班政权被击败，联军地面部队的参与程度很低，盟军的伤亡也很小。基地组织失去了安全的天堂，其领导人和分散的战斗人员大多越过边境逃往巴基斯坦。阿富汗新政府于2001年12月成立，哈米德.卡尔扎伊(Hamid Karzai)担任国家元首，并开始了建立新国家机构----包括陆军和空军----的进程。