此时，赫克马蒂亚尔的极端武装离首都更近了，不久之后，一些哈尔克派军官开始允许赫克马蒂亚尔的士兵进入该市，让他们能够使用重型武器。4月25日，赫克马蒂亚尔的伊斯兰党及其哈尔克派盟友接近占领喀布尔大片地区，甚至在总统府上空升起绿色的伊斯兰党旗帜。正是在这个时刻，马苏德----到目前为止并不情愿----在突破了首都以北的赫兹布防线后，他的部队也进入了该市，杜斯塔姆紧随其后。数十名马苏德的老兵乘坐安东诺夫运输机和米-17直升机从巴格拉姆和首都以北的其它集结点空运到喀布尔。
在喀布尔的行动中，马苏德和杜斯塔姆从一开始就得到了帕沙姆将军正规军的支持。立即爆发了激烈的街头战斗，4月27日，赫克马蒂亚尔-哈尔克派的部队被驱赶到该市南部，他们将在那里待到1995年初。由于喀布尔机场周围没有发生战斗，现场的飞机和设施状况良好，在控制机场的阿齐米-杜斯塔姆联盟的保护下，喷气机飞行员继续对赫克马蒂亚尔的武装发起攻击。一些飞机的国籍标识上匆忙地涂上了迷彩；还有一些人刚刚使用了前共产主义时期使用的传统的阿富汗三角圆，剩下的一些人仍然保留着共产主义的红五星。
虽然清除了伊斯兰党的武装，但喀布尔现在被各个不同的军事派系瓜分，许多阿富汗人，包括一些政治人物和军事人物，所期待的和平前景正在消失。马苏德的军队占领了北部社区和总统府，杜斯塔姆将军占领了喀布尔国际机场和巴拉-希萨尔(Bala Hissar)要塞，而伊斯兰党占领了城市南部的群山。什叶派统一党控制了西部的哈扎拉社区，几个较小的派系民兵也设法进入首都。与此同时，全国各地仍在政府控制下的其它驻军与城市向不同的圣战者或民兵领袖投降，阿富汗共和国就这样结束了。
随着喀布尔的分崩离析，在巴基斯坦进行谈判的圣战组织各方最终达成了一项名为《白沙瓦协议》的权力分享协议。根据这份文件，来自一个小政党(民族解放阵线)的软弱领导人西布加图拉.穆贾德迪(Sibghatullah Mojaddedi)将成为临时总统。两个月后，他将把办公室让给伊斯兰圣战组织的布哈努丁.拉巴尼，四个月后，他将被临时政府取代。再过18个月，就举行大选。
穆贾德迪政府于1992年4月28日开始采取行动，并将该国重新命名为阿富汗伊斯兰国。由于圣战者和民兵指挥官绝不愿意将其军队合并到一面统一的旗帜下，穆贾德迪政府从成立之初就几乎无能为力。至关重要的是，赫克马蒂亚尔----仍然得到巴基斯坦三军情报局的坚定支持，后者没有放弃建立一个顺从、亲巴基斯坦的阿富汗政府的计划----反对白沙瓦协议，并公开表示他将与喀布尔的新统治者作战，新一轮阿富汗内战即将开始。
第三章 全国混战1992-1996
尽管阿富汗军队的许多单位状况非常糟糕，但他们并没有在战斗中被击败，直到纳吉布拉政府倒台才得以幸存。在1992年4月底之前的几周和之后不久，原政府军的部队和驻军被获胜的政党或前亲政府民兵指挥官接管，或积极与他们结盟，但没有被摧毁或强行解散。事实上，除了马扎里沙里夫和东北部城镇法扎巴德的地方驻军经过了战斗后才投降外，其他城市的阿富汗军队在谈判后加入了另一方。大多数圣战者武装和前亲政府民兵都乐于通过将正规军队和军事装备纳入自己的队伍来增加战斗实力。
1992年，一群伊斯兰社会党官员在喀布尔国际机场走下飞机，这架安-32运输机----可能属于杜斯塔姆。飞机的两个或三个侧面都涂上了不同深浅度的绿色迷彩。
具有讽刺意味的是，许多情况下，就在几天前对抗共同的圣战者敌人的政府部队突然被他们的新主人用来互相对抗。因此，官方的、统一的阿富汗军队已经不复存在，大多数军事单位的战斗力急剧下降，主要原因是逃兵、清洗、种族化、燃料和其它物资短缺，以及圣战组织指挥官的总体管理不善。然而，分崩离析或“解调”的过程差异很大：值得注意的是，在喀布尔及其周边地区，马苏德接管了部分军队，对于杜斯塔姆的北方运动保护伞下的政府军而言，他们在政权更迭中相对没有受到影响。另一方面，许多叛逃到其它党派的部队很快就变成了不参差不齐的武装，其中一些很快就完全瓦解了，然而，这不是战场上失败的结果。例如，喀布尔西部配备飞毛腿的第99火箭旅被什叶派统一党和伊斯兰运动(Harakat-e Islami)占领，但训练有素的人员显然逃走了，两个什叶派的武装无法发射一枚飞毛腿，只能在阅兵时向欢呼的公众展示。
在该国南部和东部的普什图人地区，阿富汗政府军被更激进的伊斯兰政党或部落指挥官接管，正规军的急剧衰落最为明显：清洗前政权官员的行为司空见惯，缺乏领导大型军事部队经验的圣战指挥官担任要职，由于大范围的混乱，政府军的残部很快变成了不规则的部队或完全解散。在坎大哈和其它一些普什图人控制的地区，圣战组织领导人甚至将与其结盟的部队的坦克及其它重型武器出售或重新分配给各部队指挥官和部落联盟，这意味着这些政府军单位实际上已经不复存在。一些圣战者主张废除军装，并建议每天强制祈祷五次。
除加入杜斯塔姆、马苏德或伊斯梅尔.汗的部队外，政府军最迟在1993年时已不复存在。令人惊讶的是，圣战者和前共产主义民兵领导人都保留了前政府单位的名称，没有引入自己的新制度。例如，伊斯梅尔.汗继续在赫拉特指挥第四军，毛拉.纳奇布拉在坎大哈指挥第二军，但这些部队的实际兵力和战备状态无法与之前相比，他们当然不配被称为“军”。
阿富汗空军也不能免于这场混乱。到1992年4月，由于机场、飞机和人员在获胜的各方之间分配，形成了新的航空武装，它不再作为一个单一实体发挥作用。事实上，机场的情况很复杂，而且往往是完全绝望的。由于没有苏联的补给，也没有其它外国愿意提供支持，作战的步伐迅速放缓。在一些机场，飞行活动几乎完全停止，可是仍有许多飞机处于工作状态。同样，最有利的情况出现在由杜斯塔姆和马苏德控制的基地，而大多数由其它派系控制的基地几乎停止运作。