确保了贾拉拉巴德的安全后，塔利班立即朝该市北部推进，随即向库纳尔省和拉格曼省的敌人发起进攻，并几乎击溃了东部舒拉的最后残余，但是有几个组织一直坚持到2001年才放弃，在偏远的山谷中继续维持低强度的抵抗。喀布尔现在被塔利班从西部、南部和东部包围，唯一的逃生路线通往北部。政府空军对贾拉拉巴德的塔利班目标进行了多次空袭，但这些轰炸对当地的军事局势没有影响。政府还向乌兹别克斯坦派遣了特使，他们在那里会见了全国伊斯兰运动的代表，还试图获得杜斯塔姆将军的支持，但杜斯塔姆将军迟迟不露脸。与此同时，塔利班飞机向喀布尔以东的萨罗比镇投掷了炸弹。
塔利班知道政府军在首都西郊和南郊的防御几乎无法突破，因此利用了位于东部的伊斯兰党武装的弱点。伊斯兰党仍然控制着萨罗比，萨罗比本可以作为重要的防御点，但赫克马蒂亚尔的军事指挥官即将加入塔利班。当马苏德派出一支300人和10辆坦克的分遣队协助伊斯兰党保卫该镇时，为时已晚。随着赫克马蒂亚尔的战士逃离战斗或叛逃到塔利班一侧，局势几乎立即变得混乱。马苏德的穆斯勒姆将军损失了60人后，下令撤回首都。萨罗比于9月24日落入塔利班之手。
塔利班没有浪费任何时间，他们重新集结，其皮卡车队继续向喀布尔前进，并进入从萨罗比到巴格拉姆之间的塔加布山谷。这一举动使政府军的情况更加糟糕，因为其唯一的功能性空军基地即将面临被占领的威胁。然而，此时政府军的总体形势令人绝望。尽管巴格拉姆的苏-22和米-24进行了空袭，可塔利班还是同时从西部、南部和东部同时向首都发起攻击。
9月26日，与拉巴尼和其他高级官员会晤后，艾哈迈德.沙阿.马苏德命令政府军从喀布尔全面撤出，退往首都以北地区，再回到潘杰希尔山谷。这一颇具争议的决定很可能是出于马苏德的意图，即将一支完好无损的军队保存下去，而不是在被包围城市的街头战斗中被消耗掉，结果非常不确定，马苏德后来在公开场合表示，撤军的主要动机是他希望保护喀布尔平民的生命，这些平民在赫克马蒂亚尔、什叶派统一党和杜斯塔姆的轰炸下已经遭受了很多苦难。
冒险的撤离是在夜间进行的，到9月27日上午，数千名士兵连同大多数坦克、步兵战车、装甲运兵车以及可能所有的飞毛腿导弹发射车一起成功撤离。塔利班在进入喀布尔时确实缴获了一些废弃的装备，包括SA-2、SA-3和SA-13地空导弹。驻扎于喀布尔机场的政府直升机和运输机也被运走，但几乎可以肯定的是，至少有几架米-17被留下，后来被塔利班空军继续使用。抵达首都后，塔利班还销毁了阿富汗空军的档案。
决定撤退后，艾哈迈德.沙阿.马苏德乘坐一架米-17直升机撤离，他的私人飞行员穆罕默德.巴拉特(Mohammad Barat)准将曾因英勇作战而被纳吉布拉和拉巴尼授勋。马苏德的高级军事领导人，包括空军总司令穆罕默德.道兰将军，打算把他们的安-32(编号350)降落到塔哈尔省，但由于只是在日落后起飞，机组们不得不改道前往乌兹别克斯坦的泰尔梅兹，因为政府军控制的地盘里没有具备夜间起降功能的的机场。
起初，泰尔梅兹拒绝了飞机降落的许可，飞行员不得不宣布进入紧急状态，之后机场的灯光终于亮了。着陆后，乌兹别克当局没收了这架飞机，随后将其移交给杜斯塔姆将军。这架飞机奇迹般地为乌兹别克将军飞行，并于1990年代末席卷阿富汗北部的所有动乱中幸存下来。塔利班倒台后，它继续在新成立的、由美国支持的阿富汗国民军空军服役，直到2010年代初才正式退役。
马苏德在靠近潘杰希尔的贾巴尔塞拉杰(Jabal-us-Seraj)镇建立了新的总部，而聚集在该镇的其他政党领导人则被几架米-17直升机运送到了更北的塔鲁坎。每一位领导人都获得了一架属于自己的直升机，但赫克马蒂亚尔非常害怕潜在的破坏，因此他坚持要与拉巴尼总统一起飞行：他显然不信任自己的联盟伙伴，并认为马苏德会试图暗杀他。
塔利班在喀布尔的胜利导致俄罗斯和中亚国家改变了对拉巴尼政府及其他反塔利班派系的态度。尽管俄罗斯自拉巴尼政府成立之初就与该政府保持着工作关系(例如，新的阿富汗货币是在俄罗斯印刷的)，可是拉巴尼政府对塔吉克斯坦伊斯兰叛军的支持使双方的合作复杂化，甚至导致驻塔吉克斯坦的俄军战机偶尔对阿富汗领土进行空袭。然而，塔利班运动统治整个阿富汗并可能将其意识形态输出到塔吉克斯坦和中亚其它地方的威胁促使俄罗斯与塔吉克斯坦政府支持拉巴尼和马苏德，而乌兹别克斯坦和伊朗则分别加强了对杜斯塔姆和什叶派统一党的支持。
喀布尔的沦陷对塔吉克斯坦的内战产生了积极影响，内战双方----都同样害怕伊斯兰原教旨主义塔利班----最终达成了协议并结束了敌对行动。重要的是，在马苏德从喀布尔撤退后的几个月里，塔吉克斯坦允许他使用该国南部库洛布镇附近的一座机场。该机场最终成为阿富汗境外最重要的反对派基地，不仅是向马苏德与其它派系部队运送武器弹药的中转站，也是他们的直升机、运输机以及后来的战斗机的驻扎地。