同时，在阿卜杜勒.拉希德.杜斯塔姆的影响下，北部省份迎来了一段相对稳定的时期。然而，杜斯塔姆的政党和军队仍然四分五裂：虽然他充当了一个统一领导的人物，但是在他创造的封建制度中，他把许多封臣团结在自己周围，自己的部队控制着一块相对较小的领土，而所谓的“杜斯塔姆北部”的其它地区实际上由许多半独立的指挥官统治，这些指挥官不仅有着不同的民族血统，而且政党背景也不一样。在马扎里沙里夫，有影响力的伊斯兰社会党塔吉克族指挥官阿塔.穆罕默德.努尔(Atta Mohammad Nur)是杜斯塔姆的潜在头号挑战者，可是他乐于接受杜斯塔姆定期提供的所有财政和物资援助。
1993年，一座新的空军基地在北部城镇希尔比甘(Sheberghan)外落成。杜斯塔姆知道，他对马扎里沙里夫的控制可能会受到全国伊斯兰运动内部哈扎拉或塔吉克分子的挑战，显然是想将包括空军和飞毛腿导弹在内的战略资产集中到他的家乡朱兹詹省。因此，在省会希尔比甘，杜斯塔姆甚至建造了他的豪华宫殿，成立了空军司令部，当地机场配备了运作杜斯塔姆战斗机部队所需的一切，可是马扎里沙里夫机场仍有一些飞机在起降。一些SA-3地空导弹也被转移到了希尔比甘，然而，目前尚不清楚这些地空导弹是否在新地点被启动。
1990年代上半叶，杜斯塔姆偶尔向他的主要盟友统一党提供他的米-17直升机。据报道，纳吉布拉倒台后，统一党没有建立自己的航空部队，当其官员前往该国不同地区时，他们均依赖杜斯塔姆的运输机队。
1990年代，少数老式米格-21PFM与更现代的米格-21比斯和米格-21UM一起，在杜斯塔姆将军的空军里服役。
阿富汗所有派系空军的飞机维护都相对较差----有时在可怕的恶劣天气下飞机会超载飞行----导致了经常性的坠机事故，损失了许多宝贵的资产和人员。例如，1993年4月，一架载有15名乘客(包括两名美国记者)的米-17直升机坠毁于卡扬山谷，机上所有乘客遇难，纳德里将军的小型直升机机队因此蒙受损失。由于坠机区域平静，坠机原因可能是机械故障或飞行员失误。同样，一架载有几名全国伊斯兰运动高级指挥官的政府军米-17从阿富汗东北部的法扎巴德机场起飞后不久坠毁；乘客全部遇难。当杜斯塔姆的一架载有一群民兵和一支年轻运动队的安-32在萨曼甘省坠毁时，又造成了76名乘客丧生。
虽然在喀布尔周围和北部使用飞机已经司空见惯，但该国南部的航空业却迅速衰落。1992年4月之后，坎大哈市和整个省被几个主要指挥官、许多下级指挥官和一帮枪手瓜分。尽管共产主义政权向圣战组织移交权力原本计划是一个平静的过程，可实际上很快就演变成了一场疯狂的权力争夺战，来自农村的圣战领袖冲进城市，试图夺取尽可能多的地区和重要设施。
新统治者对政治进程不太感兴趣，但急于赚钱，他们开始将新收购的资产出售给任何愿意购买的人。机场也未能幸免于难，它的一些设备也找到了买家。这表明占领机场的指挥官哈吉.艾哈迈德显然不认为这是有价值的军事财产。然而，1992年10月，当两名曾在信丹德为伊斯兰党驾驶飞机的哈尔克派飞行员抵达坎大哈时，据报道，哈吉.艾哈迈德张开双臂欢迎他们：据参观现场的巴基斯坦记者说，机场仍有九架米格-21和四架米-8可以使用，但哈吉.艾哈迈德缺乏能够使用其硬件的机组，目前尚不清楚信丹德的飞行员是否真的驾驶过这些飞机。
在某个时候，随着坎大哈派系战争升级，机场被所有地方领导人中最有影响力的毛拉.纳奇布拉.阿訇接管。至少偶尔会有几架米-8直升机飞行，而这些飞机可能仍然停飞，尽管地面战斗非常激烈，可是没有任何关于坎大哈地区发生空袭的报道：1992年，一个名为坎大哈舒拉的松散的领导人联盟成立，以确保基本的稳定和权力分配，一年后，领土和权力争夺变得更加暴力，坎大哈陷入了一场权力斗争，那里没有任何中央当局。该市和该省都被分割成许多相互对立的军事指挥官的个人领地。虽然局势没有升级到喀布尔那种激烈的程度，但枪战、无法无天和路障已司空见惯。
有趣的是，共产主义哈尔克派民兵残存时间最长的地方是赫尔曼德省。赫尔曼德省是阿富汗南部的一个大省，主要由沙漠覆盖，在该省北部地区逐渐转变为高山。在这里，由哈诺(Khano)和安拉.诺尔(Allah Noor)领导的亲前政府的哈尔克民兵控制着大片土地，而该省的其它地区则由圣战指挥官和毒枭统治，哈尔克派与圣战者的战争几乎没有间断。
为了巩固他们脆弱的地位，哈诺和安拉.努尔与伊斯兰圣战组织主导的拉巴尼政府结盟，并与杜斯塔姆保持友好关系，但到了1993年夏天，当敌人与强大的伊斯梅尔.汗结盟后，他们最终被击败。讽刺的是，伊斯梅尔.汗也是全国伊斯兰运动的成员，他的干预改变了当地的局势，有利于反哈尔克的势力。两名民兵指挥官都被杜斯塔姆派出的一架飞机撤离，并在丢失了一片难以维持的阵地后逃往马扎里沙里夫。
这是一段展示杜斯塔姆的苏-22M-3之一的视频。尽管质量很差，但仍有可能看到一个吊舱(整体漆成灰色)、一枚R-60空对空导弹，以及一枚RBK-250 集束炸弹或一枚FAB-250M-62炸弹挂载在注意内侧挂架上。
1993年11月，在北部昆都士省喷赤河畔的边境城镇谢尔汗班达尔(Sher Khan Bandar)附近，全国伊斯兰运动与伊斯兰党的武装发生冲突。虽然全国的领导层范围存在分歧，但当地伊斯兰社会党指挥官与伊斯兰党在共同打击全国伊斯兰运动的重要目标上达成了一致。杜斯塔姆的部队首先被迫从谢尔汗班达尔撤退，三名将军和数十名士兵逃到河对岸的塔吉克斯坦境内，但不久后进行了反击，并夺回了该镇周围的一些地区。最终，在拉巴尼总统的干预下，谢尔汗班达尔被和平移交给了全国伊斯兰运动。拉巴尼总统在全国范围内仍然是杜斯塔姆的盟友，对全国伊斯兰运动的地方指挥官有一定的影响力。
从军事角度来看，这些事件很好地说明了杜斯塔姆的军队自成立之初就必须处理的战斗力低下的问题，也揭示了为什么杜斯塔姆强大且技术装备精良的武装部队于战争后期打击马苏德和塔利班时会遇到这样的问题。在谢尔汗班达尔地区，杜斯塔姆的正规军部队共有300人，由不少于6名将军指挥，其中包括一名政治委员和一名情报官员。由杜斯塔姆的附庸部署的18支非正规民兵部队总计860人，由四名将军和一名级别较低的指挥官领导。杜斯塔姆的高级将领之一阿卜杜勒.劳夫.拜吉负责指挥整个部队。不出所料，这群没有明确指挥系统的武装人员表现得十分糟糕，尤其是当将军们在其他地方忙碌时，更关注的是非法赚钱，而不是训练和组织军队。
当全国伊斯兰运动的部队与敌人在谢尔汗班达尔发生冲突时，阿富汗北部发生了一起罕见的事件，当时，杜斯塔姆的防空雷达探测到一个物体向东飞行，一架米格-21比斯立即被派去调查。它的飞行员发现这架飞机是一架伊朗的C-130运输机，于是强迫它降落到马扎里沙里夫机场。在随后的检查中，飞机的货舱内发现了几箱弹药，可能正在向昆都士的一个反杜斯塔姆武装运送弹药，货物卸下并被没收后，飞机才被放行。根据现有信息，拦截那架不幸的C-130是全国伊斯兰运动空军有史以来取得的唯一一次空中胜利，虽然他们在后来几年中对拉巴尼政府和塔利班采取了多次行动，但并没有什么建树。