在大使馆爆炸事件获得底气之后，基地组织再次于2000年10月12日用一艘搭载着炸药的快艇攻击了在也门港口亚丁(Aden)外加油的科尔号(USS Cole DDG-67)驱逐舰，炸死了17名水手。美国政府几乎再次下令用战斧导弹发动攻击，但是中情局在最后一刻说服克林顿总统取消打击行动，因为当时还不知道本.拉登到底在哪。针对阿富汗已知的恐怖分子训练营展开全面轰炸并发动全面进攻也被考虑过，但“对于科尔号被炸这一事件来说做出这样的回应都不是‘可行’的。”克林顿在他的自传《我的生活》中写道。
然而，没过多久基地组织就和9.11事件联系在了一起，就在两幢大楼倒下后没多久，一名在华盛顿的参议院情报委员会的人就被告知了关于电子信号拦截的结果，内容显示出大楼被撞和奥萨马.本.拉登有着直接的联系。而且在恐怖袭击发动前三周，本.拉登通知一家伦敦的阿拉伯语杂志告诉美国人“准备接受一次前所未有的打击，而且规模很大。”
在2001年9月11日前，美国关于在阿富汗的塔利班和基地组织的目标的了解是非常杂乱的，然而，整个关键军事设施的位置图需要被画出来，保证阿富汗的政权在9.11事件和持久自由行动开始后能够迅速更迭。美军一切有人和无人驾驶的情报收集机都被集中在阿富汗的关键城市上空，诸如喀布尔、坎大哈、伽尔德兹、希拉特、马扎里沙里夫，以及扎瓦尔基里、黑山洞这样的地带也被列为目标，此外还有地空导弹和高射炮阵地、空军基地、兵营、坦克/装甲车停车场等。
随着美国防卫警告级别的等级升至3级----自1973年赎罪日战争以来最高的----美国国务卿柯林.鲍威尔(Colin Powell)清楚的指出布什政府将对总统说的“21世纪的第一仗”将做出何种反应。在9月12日，他声明美国将“谴责为这些恐怖分子提供帮助和设施的国家，我们不仅要消灭恐怖分子，还要消灭那些为恐怖分子提供资助的源头。”
针对阿富汗境内人人唾骂的基地组织和塔利班的恐怖分子训练营而发动战争现在看起来是可行的了。为了证明这一点，副国防部长鲍尔.沃尔夫奥维茨(Paul Wolfowitz)在9月14日说“这不仅仅是抓人并把他们关起来，而是铲除他们的庇护所，消灭他们的支援系统，切断那些恐怖分子与其相关联的国家。我们将发起一场战役，而不是一次简单的行动。”
战争计划
9.11恐怖袭击事件过后3周不到，舰载机群就将充当从组织设施上推翻阿富汗境内塔利班政权和基地组织的先锋。这次行动被命名为持久自由，和国防部长唐纳德.拉姆斯菲尔德(Donald Rumsfeld)给中央司令部下达命令时相差甚远，他在9月12日告诉陆军司令汤米.弗兰克斯(Tommy Franks)说“确认发起军事行动”。
美国安全部门列出了25个国家组成的名单，从非洲之角到阿拉伯湾、再到亚洲中部，中央司令部将指挥持久自由行动的战斗。弗兰克斯将军立刻请求国防部长给予一周或10天的时间来摸清楚向阿富汗发起战争的具体细节。“我们知道阿富汗境内所有基地组织和塔利班的目标位置，并计划用海基巡航导弹或者轰炸机来打击这些目标，但是中央司令部还没有制定出从地面上向阿富汗发起常规作战的计划，与其邻国之间也没有达成一致。”弗兰克斯将军在他的自传《美国士兵》中写道。
起初，中央司令部的指挥官在弗兰克斯将军的带领下，建议通过直升机向阿富汗发起多重攻击，并将巴基斯坦作为重要的跳板。但是巴基斯坦拒绝给予美军任何军事方面的帮助，即便批准了，中央司令部的不会也要花很长的时间来穿越这个国家。小布什总统要求尽可能快地发起还击，因此为了这么做，拉姆斯菲尔德缩短了持久自由行动发起的时间。参与行动的飞机和部队数量也相对减少了，这就使得发起大规模地面战的计划无法实现。
中央司令部被迫寻找别的办法来更迭政权，最后发现加强与塔利班交战多年的阿富汗反塔利班力量是唯一选择。无法将大规模部队部署到地面上，中央司令部必须依靠他们的空中力量和特种部队来支援反塔利班力量的作战。
这些反塔利班武装在北部、西部和南部拥有多座要塞，1996年，塔利班通过惨烈的内战后夺取了阿富汗境内80%地区的控制权。这些反塔利班武装缺乏凝聚力，对手只是民族和宗教的区别。在这其中实力最强的就是北方联盟，他们占据了阿富汗与前苏联交界处的山区，手中的部队只有几支小规模武装，人数估计大约在15000左右。
基地组织很明显意识到北方联盟所存在的威胁，因此他们在2001年9月9日用一枚自杀炸弹暗杀了北方联盟的领导艾哈迈德.马苏德(Ahmad Shah Masood，就是苏联入侵阿富汗时代著名的潘杰希尔之狮，以后有机会还会介绍苏联空军在阿富汗战争期间的战斗历程)中情局同样也评估了马苏德和他的战士将对阿富汗做些什么，秘密援助了他很多年。