参与这些巡航的F-4B还安装了马格纳沃克斯的AN/APR-27导弹警告系统，该设备安装在飞行员地图盒的位置上，和机鼻前起落架舱门后方的战术导航系统(TACAN)共用一根圆形天线。当地空导弹在飞机附近发射的时候，它会发出警告声。星座号于1967年加入TF77特混舰队的时候，航母上使用F-4B的VF-142和VF-143中队安装了应用技术公司早期型号的AN/APR-25系统，这种设备是美国空军一些战术飞机标准的对抗设备，其中就包括了鬼怪II，此系统最初为中情局研发，并安装在他们的U-2侦察机上。
鬼怪II的鞋拔项目改造一共分为3个阶段，目的是为了将F-4B的电子对抗系统标准化，其中包括了Melpar的AN/APR-30(在机鼻AAA-4整流罩的下方加装了一根钩形天线)、一台桑德斯的AN/ALQ-51欺骗式干扰机、AN/APR-27和AN/ALE-29。这些系统还经过了改造，以避免干涉AIM-7的引导系统。第二阶段的改造保留了AN/APR-27，但雷达告警设备改成了美国空军的AN/APR-25全向告警器，最后升级成可靠性更佳的AN/APR-30。AN/ALQ-51被用途更加广泛的AN/ALQ-100所取代，后者可以干扰空空导弹和高射炮炮弹的近炸引信。当F-4J在1968年开始服役，并装备VF-33和VF-102中队后，它们接受了与鞋拔3类似的鞋拔4改造，这里包括了马格纳沃克斯的AN/ALQ-91敌我识别对抗系统和黑兹尔坦的AN/APX-76空对空敌我识别系统。
F-4B的另一种弹药挂载方式，主翼外侧的复合挂架上是8枚Mk82SE蛇眼高阻炸弹，机身后下方是2枚AIM-7E，VF-114和VF-213中队同属CVW-11联队，和TF77特混舰队旗下的一些联队在自身的航母进行维护时就被派到其它航母上不一样，CVW-11联队的6次作战部署都跟随小鹰号展开。这2架F-4B都在1967年损失掉了，近处的BuNo 153040号机于5月21日躲开了3枚地空导弹后被高射炮击落，机组丹尼斯.维斯利上尉和吉姆.莱恩少尉跳伞获救，远处的BuNo 153005号机于12月27日进行抛弹轰炸时撞地坠毁，机组L.M.李少校和R.B.英尼斯中尉均阵亡。
可是这些复杂的系统并不能让机组们消除击败SA-2导弹的疑虑，很多人在战斗最激烈的时候发现设备的视听警告既混乱又分散，少数有经验的机组感觉负荷变得难以忍受后就会选择将其关掉，依靠自己和雷达拦截官的眼睛去发现地空导弹。很多机组在穿过海岸线的时候经常将电子设备置于"待机"状态下，以防止敌方雷达探测到F-4的辐射源。这种做法也让F-4的后座有时间去扫视天空，观察米格机的存在，尤其是那些从他们后方接近的。
海军的铁掌和空军的野鼬鼠行动给敌人防空造成了相当大的损失，但苏联人提供了更多的导弹，使得北越的地空导弹阵地数量从1965年12月的59座增加到了1966年末的139座。1967年，被地空导弹击落的美机数量是被米格机击落数量的6倍，然而，这仅仅占美军固定翼飞机损失总数的8%，主要都是由于高射炮或其它原因造成的。总共有10架F-4B/J被SA-2导弹击落，其中6架在执行战斗空中巡逻任务时被打下来，另外2架毁于危险的高射炮压制任务里。
摄于VF-154中队换装F-4B并在1966年7月29日首次展开西太平洋巡航后不久，距离珊瑚海号加入TF77特混舰队不到2个星期，这架F-4B-23-MC 152304光鲜的外表就看不到了。当VF-154中队返回米拉马后，此机于1967年初春被转交给VF-151中队，是1967年11月19日在海防附近被米格-17击落的2架F-4B之一，飞行员詹姆斯.蒂格中尉阵亡，雷达拦截官西奥多.施蒂尔中尉跳伞被俘。
首先于战斗空中巡逻任务里损失的2架飞机在高空被一枚没有观察到的SA-2导弹击中。1967年5月，美国海军首次空袭了河内，攻击机群遇到了前所未有的地空导弹火力，迫使阿尔法编队下降到低空，去面对更加危险的高射炮火。2架执行战斗空中巡逻任务的F-4B于3000英尺高度被击落，第一架是F-4B 152264 "Showtime 604"，飞行员(副中队长)理查德.里奇(Richard Rich)中校和后座威廉.斯塔克(William Stark)少校试图躲避一道SA-2弹幕，结果被命中2次。里奇当场阵亡，斯塔克跳伞后被俘。一小时后，VF-114中队约瑟夫.普拉姆(Joseph Plumb)中尉和伽雷斯.安德森(Gareth Anderson)中尉从F-4B 153004 "Linfield 204"上弹射跳伞，两人均被俘虏。尽管这架飞机面对着海量的地空导弹做出了剧烈的规避机动，可其中一枚还是在这架鬼怪II的机腹下方爆炸，把整个尾部都炸掉了。
内排机场在1967年10月24日首次成为空袭目标，美国空军和海军航空兵对此已经等待了许久，F-4B中队提供了数支战斗空中巡逻小队，其中一支珊瑚海号上VF-151中队的小队由中队长查尔斯.吉勒斯皮(Charles Gillespie)中校率领，他的后座是理查德.克拉克(Richard Clark)中尉，他们沿着雷公山脊(F-105飞行员对三岛山的称呼，这座山在红河以北15英里处与河流平行)飞行时，一座SA-2导弹阵地以标准的三连发方式打出了一排导弹，吉勒斯皮朝导弹俯冲下去，躲掉了第一枚，但他们的F-4B 150421被第二枚导弹击中，两人都跳伞了，最后只有吉勒斯皮在河内的监狱里活了下来。
这支小队剩下的飞机在他们的中队长上方执行救援战斗空中巡逻任务，以便能够保护可能到来的救援直升机，可是接下来，罗伯特.弗里什曼(Robert Frishman)中尉和厄尔.刘易斯(Eral Lewis)中尉驾驶的F-4B 150995于10000英尺高度处被另一枚SA-2导弹击中，这架鬼怪II被这枚导弹打掉了一台发动机，然后又被第二枚导弹击中，两人跳伞后迅速被俘虏。尽管VF-151中队已经损失了2架飞机，可是有9架米格机在地面被炸毁。第二天，美国空军的F-105和海军的F-4B又进行了一次轰炸，炸毁了10架米格机。约翰逊政府接下来取消了所有的攻击行动，这意味着损伤很快就可以被修复。此外，北越空军经常把米格机调往诸如嘉林机场之类的避难所，或者通过情报网络告诉飞行员机场被炸，让他们越境前往中国避难。