F-4B在0G过载的时候加速最快，最佳转向速度在450至500节之间，可是低空高速下的油耗也限制了飞机的作战时长。飞机的机鼻下垂倾向很严重，尤其是从弹射器上起飞的时候，飞行员需要向后把操纵杆拉到底，除非飞机是在最大净重的情况下让重心更加靠后。然而，在飞机离开甲板后纠正过度也会导致飞机失速。1967年5月8日，VF-114中队汤姆.施泰莫(Tom Steimer)中尉和M.L.塔夫特中尉从小鹰号上起飞执行武装侦察任务，他们的F-4B 152997号机刚升空后没多久就坠毁了，飞行员没有活下来，但塔夫特却在这次失速螺旋/反向偏航事故中生还，他成功弹射了。
VF-101和VF-121中队起初接收了45架F4H-1F(F-4A)鬼怪II，他们用这些飞机展开大规模训练，其中包括航母起降资格认证。继这些非作战型机体之后，紧接着是651架F-4B生产型的第一批，B型机体上进行了很多改进，最重要的就是新主起落架得到了加强[根据F-4支援项目主管约翰.哈蒂(John J Harty)所述]，其最大承重量达到了54600磅。A型最明显的创新就是在后座舱里增加了一名海军飞行官(NFO)，他的军衔和飞行员一样，或者比他更高。麦克唐纳的"雷达拦截官"很快就替代了"海军飞行官"的称呼，并于1965年5月1日取代了知名度不高的"海军航空观察员"。
VF-114中队在1961年从F-3B换装F-4B，成为太平洋舰队第一支装备鬼怪II的单位。这里，完成了一次任务、把复合挂架上的炸弹都扔掉后，BuNo 152241号机伸出了阻拦钩，准备钩住小鹰号上的阻拦索。中队的土豚队徽来自约翰尼.哈特(Johnny Hart)的漫画，应中队长‘Hap’钱德勒中校和副中队长罗斯科.特劳(Roscoe 'Rocky' Trout)的要求刷上，而且被刷在了垂尾的顶端。
首批19名雷达拦截官于1959年8月前往德州的詹姆斯.康纳利空军基地受训，驾驶的是二战时代的B-25米切尔轰炸机，他们在上面学习如何与另一架B-25协调观察，并从飞机的机枪塔里观望，同一架飞机的图像则出现在飞机后方的雷达屏幕里。这批人接下来为作战中队训练雷达拦截官，其中一些人曾经在美国空军F-89天蝎全天候战斗机的后座飞过，之后还有少量的陆战队F3D空中骑士的雷达操作员来填补美国海军战斗机机组这项新职务的空缺。
他们的焦点集中在"指挥拦截"上，让飞行员们机动到较好的位置处发射麻雀导弹。雷达拦截官对真正战时情况下的任务并没有准备，比如在飞行员轰炸时帮助他提高精度，甚至解开座椅安全带去查看F-4身后盲区内的米格机。在战斗中，他就是"座舱外的眼睛"，而飞行员则正视前方的拦截系统。一些没有经验的雷达拦截官则与经验丰富的飞行员搭档，反之亦然，以加快他们的学习速度，而且向他们灌输导航、通信、拦截管制的知识，使得飞行员能够自由地驾驶鬼怪II，在近身格斗战中，他们主要的远距离雷达导弹发射设定工作通常无法完成，而肉眼的观察则更有价值。
一些自我满足，有着单座机驾驶经验的飞行员也很难接受后座的建议，但是相比起之前十字军战士、天光、恶魔上相对原始的设备，他们很快就开始欣赏2人机组和优秀的APQ-72雷达。一些飞行员说有了第二名机组成员，他们在战斗中就更不愿意承担风险，尤其是1966至67年间，大量的雷达拦截官过早地离开了部队，威尔.哈夫(Will Haff)中校在1967年担任VF-154的中队长，他回忆道：
"我最关心的就是安全以及我对雷达拦截官的责任，我已经习惯了飞单座机，如果我坠机身亡，那也不用连累后面的雷达拦截官。一名真正的战斗机飞行员可能有些鲁莽，但这可能也能让他在格斗战术上表现得更好。"
1961年，在前2支出海部署的F-4B单位VF-74和VF-114中队里，大量的飞行员之前都驾驶过单座飞机。比尔.克努森(Bill Knutson)中校之前驾驶过单座的F6F-5N地狱猫和F8U-1十字军战士，他已经习惯了自己操作雷达来进行拦截，但是他最初"忍受着雷达拦截官，并让他们在一旁说话，但在格斗或拦截的危急时刻，我只是按照自己的意愿去做，雷达拦截官的话一句都没有听进去。有一次，雷达拦截官锁定了一个目标，我只是说‘我看见了’，然后机动到攻击位置上发射麻雀导弹。那名雷达拦截官相当愤怒，他关掉了雷达，说‘看看没有我在操作雷达，你能有多牛逼。’很自然，在前座舱是无法操作雷达的，这样的问题花了好多年时间才得到解决，最后在实战中消失了。"
1966年，在岘港停靠加油，VF-92中队的F-4B-21-MC 152239 "Sliver Kite 205"在主翼外侧挂架的适配器上挂载了一台被烧焦的、空的LAU-10阻尼火箭巢。VF-92是最早参战的F-4B中队，从1964年8月和VF-96中队一起跟随游骑兵号在前线部署了103天。此机于1970年5月17日从珊瑚海号起飞执行一次夜间任务时发动机起火，离开甲板5秒钟后坠毁，当时服役于VF-161中队。
越战中也诞生了一些F-4座舱里杰出团队合作的范例，成功的机组成功地发展出他们在面对工作和挑战时感性的一面。此外，分工的规则在F-4机组手册里也规定得非常详细。
早期越南的空中战斗重新强调了奥西阿纳航空站VF-101中队A分遣队和VF-121中队发展出来的对地攻击战术，直到补充航空大队于1964年11月至1965年10月间制定出新的训练大纲。在对地攻击训练方面，1964年10月登上小鹰号的VF-213中队主要依靠从美国空军借来的复合挂架与武器手册，同样还依赖之前在朝鲜战争中驾驶A-1和F9F的飞行员们传承下来的经验。