接受空中加油的同时，奥马利和佩恩在讨论是什么让两台发动机都喷出了火焰，以及应该怎样做才能够安全地回家。侦察系统官倾向于和第3架KC-135Q呆在一起，一路以0.9马赫速度飞到嘉手纳放出的备用加油机那里。另一方面，飞行员认为他们应该按照正常的模式继续飞行来帮助发现问题的所在。奥马利详细讨论了他想让佩恩去记录的那些数据，而且就在最后于嘉手纳降落的时候，他开始数风扇转数、喷油温度和油料流量的信息。他把油门向后收回，发动机正常地慢下来。他们平安无事地着陆了，SR-71的第二次任务也就完成了。
两台发动机都喷火预示着这种类似的问题将会不停地在老挝上空发生，因此，战略空军司令部侦察中心给“波布蛇”起了一个“铅雪橇”的绰号。
飞完了前两次任务后，奥马利和佩恩被贬为在他们的航路间进行测试飞行，以保证其他的飞行员有机会能够获得一些作战时间。第二个星期，巴迪.布朗和戴夫.詹森被选去驾驶一架“双尺蠖”前往北越。
4月18日上午11:00驾驶978号机起飞后，所有的一切都在顺利进展中，直到他们减速，准备倒泰国上空进行第一次空中加油。加油机通知他们由于加油区的风暴原因，加油的地点被更换了。正当他们开始下降之际，左边的发电机失效，并且无法被再度启动，失效之后两台发动机都喷出了火焰。詹森把必要的代码设置发送出去了，告诉其他人他们准备在达欺基地降落，因为发电机失效是“尽可能快”地取消任务的条件。
没有了动力，他们失去了舱压，而他们的“月球服”开始膨胀，导致机组在座舱里的动作很笨拙。随着他们下降至发动机可以启动的高度，布朗于早期阶段请求加油机飞到北边并给予他们额外的油料。在35000英尺高度处，他重新启动了发动机，然后他判断了飞机亚音速飞行的重心，并向达欺的进场管制台呼叫，通知他们飞机即将抵达、塔台管制员说加油机已经通知基地的指挥部，而且已经准备好让他们降落了。进场过程中，前起落架的灯没有亮起，因此布朗从塔台旁边的低空飞过，让其他人检查起落架确实已经放下来了，然后再平安地降落。
SR-71从嘉手纳基地开始执行任务后，诞生了为首次完成任务的机组的抗荷服下别上一条领带的传统。回来后的庆祝仪式由比尔.格尔尼克军士长主持，他手里拿着一把短武士刀。照片里，菲尔.卢瓦尼翁跟在他的飞行员唐.沃尔布雷希特后接受祝贺，这张照片拍摄于1968年5月25日，两人驾驶978号机完成了他们的第一次任务。
因为中情局在使用U-2执行任务时就向这个基地派驻了一支安全小队，所以布朗可以使用他们其中的一个机库。一支回收小队很快离开嘉手纳并抵达这里，并让SR-71准备好返航的飞行。正当他们准备离开之际，中情局分部的负责人告诉布朗“如果你不告诉任何人你在这里，我们也不会。”他在“经典的披风和匕首”标志那里大笑，然后感谢他为他们的第一次“波布蛇”任务中断后所做出的贡献。
过了24小时，在取消和失望之后，吉姆.沃特金斯和戴夫.邓普斯特最终得以驾驶974号机升空，他们于嘉手纳附近和加油机对接，然后前往北越。从右边观测到海南岛后，他们进入了东京湾，并且向左转，准备穿越海岸线。这次从“前门”的进入让他们经海防飞往河内，最后从奠边府离开。
和先前的飞行一样，一切都运作正常，直到降下来准备进行空中加油。沃特金斯刚把油门向后收回关掉加力，就出现了一声巨响，接下来是两台发动机喷火。高度计指示到50000英尺以下后，他成功地重新启动2台发动机，加油机机组立刻对紧急呼叫做出回应，在没有战斗机的保护下独自向北前往敌人的领空。
“波布蛇”从加油机那里以3吨/分钟的速度汲取油料，沃特金斯则有时间来反思这个时间，这可能会造成一起灾难性的事故。此时，他对他的后座说“戴维，我想我也许直到发生了什么，如果我下次让转数比检查清单的数据之上多几百转，那样就不会喷火了，我本可以让两台发动机都在运转中，而且我们可以完成这次任务，你是怎么想的？”戴夫回答道“下次飞行的时候让我们再来试一试。”
看起来吉姆.沃特金斯对这件事情第一次有了看法，接下来在唐.沃尔布雷希特(Don Walbrecht)和菲尔.卢瓦尼翁(Phil Loignon)在五月底从越南向泰国的下降过程中被证明是平安无事的。
4月27日，巴迪.布朗和戴夫.詹森起飞执行他们的第二次作战任务，这次驾驶的是976号机，就在他们开始下降进入泰国的时候，两人再次遭遇了两台发动机喷火的情况，以及另一台发电机失效，迫使他们在9天的时间里第二次降落于达欺，布朗坚持说他没有去找中情局的人，但是享受着他们的热情款待！2天后离开这个基地之际，他以打开“最大加力”爬升，并以让“他们在地面上微笑”的方式向他们致敬，这架没载多少油的“波布蛇”笔直地爬升，离开了这个新发现的第二个家。
为了保证不因为飞机在地面上放弃而导致重要的任务被中断，越战期间嘉手纳机场上的任务机旁边经常伴随有一架备用机。
导弹
1968年7月26日早上09:00刚过，帕特.哈罗兰(Pat Halloran)少校和莫特.贾维斯(Mort Jarvis)少校驾驶974号机起飞，开始了他们的第一次作战飞行。然而，在他们在检查电子对抗系统的内置测试清单时，侦察领航员发现一个系统失灵了。就像之前所提及的，这就是检查清单上一个失效的物件，因此他继续循环开启，寄希望于问题能够得到解决，但是没有奏效。
随着时间的流逝，机组们不得不承认失效，而且距离从字面上强制呼入备用机起飞的时间仅5分钟，他们放弃了。很快，在10:08，托尼.贝瓦夸(Tony Bevacqua)少校和杰瑞.克鲁(Jerry Crew)少校驾驶976号机取代了974号机，在这架“双尺蠖”备用机上前往北越进行侦查。第一次穿越过程中，克鲁警告贝瓦夸说一台地空导弹的火控雷达锁定了他们。几乎是同时，他说“我们遭到了攻击。”防御系统的表现像预想中的一样，但是飞行员无法看见SA-2导弹，这枚导弹在他们的后方落下。
1968年7月26日，在驾驶976号机前往北越执行任务时，托尼.贝瓦夸少校和杰瑞.克鲁少校成为了第一支遭到SA-2导弹攻击的SR-71机组，这张照片由地形任务照相机拍摄。
加油期间，克鲁问贝瓦夸他是否坚持要完成这次飞行，因为第二次通过还要把他们带回到遭遇攻击的那片地区。飞行员回答道“为什么不？他们在想我们。”第二次飞越时没有任何地空导弹阵地做出反应，回到嘉手纳降落后，贝瓦夸回忆道：
“走出飞机的时候，我们知道指挥官已经了解了这次事件，他问的第一件事情就是‘你看见了什么东西么？’我们说没有，但我们知道这是真的。我们后来得知，靠得最近的一枚导弹距离我们只有1英里。”
这是SR-71第一次遭到导弹的攻击，而且碰巧地形跟踪相机拍下了一张SA-2导弹的照片，在记录本中记载道贝瓦夸的“第一次”。哈罗兰和贾维斯两天后再次驾驶974号机起飞，并且完成了他们的首次作战任务----为时5.3小时的飞行----完美无缺。