新基地也是必要的，进驻的F-100中队也不一样了。虽然在1962至1965年间F-100中队承担着复杂的临时部署任务，但是扩大化的战事要求他们永久驻扎(PCS)。在为期90至120天的临时部署期间里，很多时间都被浪费在最初开始的适应上。而且频繁的轮战导致中队的作战能力刚达标时就要被调走。一个例外就是27TFW联队481TFS中队，他们的90天临时部署被延长至6个月，因为其它中队都在为长期部署做准备，首先开始的是531TFS中队。
这支中队在Two Buck 16行动期间于1965年7月21日从卡农基地经菲律宾克拉克基地转移至新山一机场，期间进行了9次秘密的空中加油。481TFS中队的第一次任务于同一天发起，作为33TG大队的一部分由二战王牌哈罗德.康斯托克(Harold ‘Bunny’ Comstock)中校的率领，飞行员们不断在近距离空中支援和警戒任务中获取经验，其中一些于夜间展开。像481TFS中队的绝大多数飞行员一样，彼得.范德霍夫(Peter Vanderhoef)中尉就不具备执行夜间任务的能力，而且就在其中一次任务里，他发现投放凝固汽油弹的高度距离地面只有10英尺！他抬头望了一下，火光照亮了上方的树木。
481TFS中队的F-100D在编队飞行中，前方是史蒂芬.德沃查克(Stephen Dvochak)上尉的56-3063“THE SHADOW”，机身上的FW编号被主翼遮住了，55-3548是汤姆.蒂格曼(Tom Tilghman)中尉的座机，而第三架56-3285“PRETTY PENNY”是彼得.范德尔霍夫(Peter Vanderhoef)的座机，他在6个月的部署期间随481TFS中队完成了130次作战任务，只被击中了一次----一颗子弹打穿它的主翼。“在那时，我们的任务大约有五分之一都是支援地面部队的，”范德尔霍夫解释道，“我们经常被要求不断地攻击目标，防止越共把我们的部队冲垮。另外五分之一是轰炸已知的越共阵地，而且旁边没有敌军。剩下的五分之三是根据前进空中管制员的选择轰炸丛林里的越共可疑地点，我们用750磅的炸弹把树林炸得只剩下树干。”
在7月19日，一支481TFS中队的小队击退了围攻蒲登(Bu Dop)美军特种部队营地的越共，这里位于西贡以北100英里处。借助C-123投下的照明弹，诺曼.特纳(Norman Turner)上尉和唐纳德.沃森(Donald Watson)在能见度低的情况下从低空炸毁了越共的机枪阵地，诺姆.特纳回忆道：
“一个紧急起飞的电话在02:00把我们叫醒了，我们朝飞机奔去。飞机的内侧挂架上挂有2枚500磅炸弹，外侧挂架上是2个LAU-3火箭发射巢，而且像平常一样把炮弹填满。我们一起飞就能看见北边的亮光。这是一个清爽的夜晚，我认为这会是一次有趣的任务----我想错了。我们爬升到20000英尺高度，并且联系了前进空中管制员。他说蒲登现在的情况极为危急，很快就要被攻陷了。一架黑色的C-123‘Smoky’在营地上空并排飞行，每一次投下一枚照明弹，我们还有大量的燃油，因为我们只是在那里盘旋，向下看着营地。”
在基地上空有一片薄云，此时新的前进空中管制员哈尔.豪鲍尔(Hal Howbower)接手了，他通知特纳说重机枪从八个方向射入营地里面，他们的位置在树梢高度，距离营地的短跑道不远。
“我感觉到自己急需冲下去帮助他们，”特纳继续道，“我才刚来越南3个星期，而且急于证明自己。我让沃森呆在那里，自己降到云层下方。那名前进空中管制员告诉我云层在海平面上方500英尺处，到处都是很高的树木。我知道炸弹是没用的，因此我打开了火箭弹和航炮的保险，准备随时开火。我激活轰炸瞄准具，但是将其机械性地锁住。我继续向西飞去，直到地面上漆黑一片，证明这里没有云层，于是我开始下降。
彼得.范德尔霍夫站在他的F-100D 56-2385“PETTY PENNY”前，机鼻的涂装是彼得自己创作的，然后被其它一些481TFS中队的机体所采用，这架飞机由范德尔霍夫和杰瑞.萨洛梅(Jerry Salome)两人共用，后者与真正的佩妮女士结婚了。飞机的主翼内侧挂架上挂有2枚GAM-83A小斗犬空对地导弹，这种60年代出现的导弹在F-100的武器清单中是非常重要的。但它用起来真的很让人恼火，尤其是针对坚固的目标时缺乏攻击性。确实，‘Moose’莫塞利将其称之为“浪费时间和金钱的”。乔.文森特总结道“小斗犬的发射需要飞行员笔直地飞行，而且路线是可以预知的，直到导弹撞向地面，因为飞行员一直在控制导弹飞行。除非你想给你的勋略上添加一枚橡叶，要么最好别这么做。”美军战术飞机在1964年12月至1967年12月间在老挝上空一共发射了564枚小斗犬导弹，而使用的2.75英寸火箭弹则有331704枚，Mk82和M117炸弹有259432枚。
“这是个漆黑的夜晚，月亮躲在了一个角落上，但是照明弹点亮了云层，营造出了一种一种超现实主义的、不确定的地平线。我不知道我距离地面有多高，但是尽可能地降得更低，把头顶上的云层作为一个差劲的参考物。当我钻进云里之后，我只能借助仪表飞行。钻出云层，我做了一个360°转向，并且决定降得更低一点，我逼真地在脑海里想“今晚我可能会死。”然而，我更加担心没能帮助地上的那些伙计们，我又再次钻进了云里。我想我可能在任何一个机动期间撞树，并且记得一个愚蠢的尝试，为了避免碰撞，将屁股从座椅上稍稍抬起一点。这一次，我发现自己降到了云层下方，并且在一片黑洞上方，然后，我发现了下方的营地。
“我距离地面只有几百英尺，而且我可以看见在护栏外面燃烧的建筑。这里到处都是烟雾，能见度低到不足1英里，那个小跑道很清晰，我还可以看见相反方向的树林边界，我认为这里就是目标区了。”
在极低的高度处，特纳上尉为了对准目标3次从其上空飞过，“然后，在烟雾外面，那个营地直接就出现在我的前下方。我想都没想就做了一个90°转向，让机鼻下压1°，瞄准界线左侧的末端，这样的轰炸是无法设定瞄准具的，因此我只能靠猜。我在距离目标大约3000英尺处两次按下发射按钮，左边的火箭巢先开火，然后是右边的。我大约瞎了有半秒钟，接着按下炮钮，以90°角对准树林边界连续扫射。我一直用20mm高爆弹打下去，直到我认为快要撞地了，然后放平主翼再拉起，大约距离目标有1000英尺。我很快就钻进了夜空的云层里，那名前进空中管制员告诉我所有的8个机枪阵地都‘哑’了。”
豪鲍尔接下来命令唐.沃森也来“试一试”，这次任务结束后，两名参与行动的F-100飞行员都获得了优异飞行十字勋章。然而唐.沃森没有活着接受此殊荣。
一架F-100D在新山一机场内进行定期维护，机鼻前方的设备舱盖打开后可以看见里面的电子仪器设备，机背上的小角度整流罩是冲压空气涡轮排气口，下方是2号飞行控制液压系统的舱盖，液压系统的地面测试是在座舱盖下方的设备舱里进行的。必然的，这些毫无保护的设备使得F-100在地面火力下极易受损。
伽瑞.诺夫斯克(Gary Nophsker)是一名驾驶F-100参加过3次轮战的老鸟，他非常简洁地总结到使用超佩刀的“夜间猫头鹰”行动，“夜间驾驶F-100在低空飞行太荒谬。”尽管一些中队的损失轻微，无可避免的，这样的飞行增加了超佩刀机群的损耗。确实，309TFS中队在参战的一整年时间里没有损失过一架飞机，然而，481TFS中队损失了6架，第一次发生在7月31日，飞行员唐.沃森阵亡，他驾驶F-100D 55-2837在西贡附近投放凝固汽油弹轰炸越共时坠毁。这支中队损失的第二名飞行员是约翰.豪斯蔡尔德(John Hauschildt)中尉，10月5日，他驾驶F-100D 56-3074为地面部队提供近距离空中支援时被小口径武器击落阵亡。6天后，山姆.霍姆斯(Sam Holmes)上尉驾驶的F-100D 55-3163在一次相同的任务里被击落，但是他成功跳伞逃生了。而在9月20日，乔.雷内斯(Joe Reynes)上尉驾驶F-100D 56-3177因高射炮造成的损伤导致漏油，最后造成发动机停车，他在湄公河三角洲附近弹射跳伞。彼特.范德霍夫观察到他的F-100的随后一刻：
“他的那架飞机从下方拉出了大约有1英尺宽的油迹，而我决定他最好在飞机起火前离开那里。一切事情都像书里面发生的一样缓慢，我看着乔慢慢飘下来，而他的飞机一头向海里扎去。”
在5025个战斗飞行小时里，481TFS中队的18架超佩刀最终完成了3600次作战任务，平均每天30个起落架次，而且投下了1千4百万吨炸弹(其中包括首次在越战使用的Mk82蛇眼高阻炸弹)、打出了19000枚火箭弹、25枚AGM-12B小斗犬导弹和160万发20mm炮弹。1965年11月27日离开前，21名飞行员完成了超过100次任务，他们将二手的F-100D留给了其它中队。481TFS中队F-100的出勤效率高达98%，没有一架飞机在起飞时因为机械故障而退出。
1966至67年间F-100平均的战备完好率在63%至76%之间，然而，1965年10月至1969年12月不在作战状态的F-100比率只在5%以下，只有马丁的B-57达到这一指标。这样的情况最能说明布置零配件的地勤人员之聪明。唯一一个F-100补给中心在克拉克基地，滚雷行动开始后，这里很快就被填满了零配件，这样就可以在南越建立补给仓库了。
1966年，军械员正在给一架迷彩涂装的F-100D挂载炸弹，使用MJ-1炸弹装载机可以精确地将武器安放在固定的位置上，最典型的挂载就是内侧挂架的弹药更重，而外侧挂架的弹药更轻。每个挂架的前后方都有2个爆炸投放点，用于应急投放。飞行员通常在向目标俯冲时打开加力，在450节左右投弹，光滑的Mk82低阻炸弹在3000至4000英尺高度投放时的精度要低于M117炸弹和蛇眼炸弹。
F-100的高出勤率一部分也要归功于1966年征召了18000名新的技术员，每支战斗机中队的维护人员增加了30%，以达到战时要求。1965年F-100中队的部署通常是自给自足，然而这往往造成资源重复。1966至67年的弹药短缺影响了武器的使用，弹药的消耗率是补给率的两倍，B-52轰炸机的消耗量最大。补给来自于全球的各个基地，其中包括美国的盟国，但是有好几个月，攻击机在一些时候只挂很少的弹药出击，或者根本不挂载弹药。
1965年F-100中队又增加了新的任务，其中包括地面车队保护和宣传单“纸片轰炸”，4月14日，一架F-100D向北越4个城镇投放传单，警告他们可能增加的空中打击。F-100F的后座也是一个不错的制高点，美国空军官方的摄影师就在后座拍摄攻击、训练和宣传照片，可是，一些任务被证明是危险的，1966至67年间，4架F-100F在扫射和投放凝固汽油弹期间带着后座的摄影师一起坠毁。