第二次轮战
第二次轮战的人员在1985年10月12日抵达，包括了从阿尔奇兹90OShAP团招来的空勤和地勤，指挥官还是亚历山大.鲁茨科伊中校。新来的飞行员花了数天时间在战区里和老鸟们一起进行适应性飞行，之后在10月21日进行独立作战。
Kh-29激光制导导弹安装了一个755磅的空心装药战斗部，首次在1986年4月由驻阿富汗的苏联苏-25使用。
1986年2月，该团进行了扩编，增加了一支中队，新中队的人员来自于80OShAP团，中队长是谢尔盖.科马罗夫(Sergey Komarov)少校。此外，378OShAP团的组织结构也发生了变化，原属的2支中队(1AE和2AE中队)从巴格拉姆起飞执行任务，而第3支中队(3AE中队)驻扎在坎大哈，后者接收了2AE中队留下的8架崭新的7批次机体和4架6批次机体。经过这次重组后，在阿富汗的每支强击机中队都装备了12架苏-25，剩下的4架隶属于团部。1986年8月，4架崭新的8批次机体抵达巴格拉姆，补充之前损失的机体。
在苏-25第二次轮战期间一件受欢迎的事情就是Kh-25ML和Kh-29L激光制导导弹的服役，使得远距离精确打击高价值目标的任务成为了可能。第一次这样的任务在1986年4月发起，参与其中的是团长鲁茨科伊中校和2AE中队长弗拉基米尔.维索茨基(Vladimir Visotskiy)少校。2架飞机挂载了带混凝土穿透弹头的导弹封锁了阿富汗—巴基斯坦边境以西霍斯特(Khost)附近的大量山洞入口，这些山洞在防御森严的扎瓦尔(Zhawar)"超级基地"内，用于人员的躲藏和武器的储存。
378OShAP团有一架苏-25专门为精确轰炸进行了改造，安装了微调过的ASP-17BTs-8光电瞄准具，借助枫叶-PS激光目标指示/测距仪来照射目标。之前使用没有微调过的激光目标指示/测距仪时，误差在10至30英尺范围内，这样的结果是使用激光制导导弹进行精确攻击所无法接受的。
通过自我引导来发射激光制导导弹，攻击的精度也遭到了批评，因为，激光光束稳定性的问题影响了苏-25飞行员控制激光目标指示/测距仪。在手册上，最大达激光作用范围是4.94英里，而最小作用范围是1.84英里。根据苏霍伊设计局放出的资料，378OshAP团在阿富汗战争期间使用了139枚激光制导导弹，使用自我照射或一辆BOMAN车上的激光目标指示器来照射----据报告有137枚导弹命中了目标。
外部的激光照射显著改善了制导导弹的瞄准条件，因为苏-25飞行员此时可以在发射导弹后立即开始防御机动。因此，在1987年，378OShAP团使用了一种代号为BOMAN的自行激光目标指示车。它是基于一辆BTR-80装甲运兵车的车身的临时瞄准系统，上面有了一台枫树-PS激光目标指示器，后者来自报废的苏-25。枫树-PS被安装在一个不可伸缩的支架上，并突出在撤身上方，使用12.7mm机枪的瞄准具对目标进行光学瞄准。BOMAN是一种高效稳定的激光指示系统。只要条件允许，它就尽可能地靠近目标，从而形成一个强大且稳定的激光光斑，让导弹的导引头从远处探测到，这反过来又允许“蛙足”飞行员远离敌人的高射机枪和肩扛式地空导弹的射程范围。
航空“炮手”战斗车辆(BOMAN：Боевая машиа авиационного наводчика)由巴格拉姆基地的技术部基于一辆BTR-80装甲运兵车和一架报废机体上的枫树-PS激光目标指示器改造而来。
夜间空袭
作为例行常规的一部分，1986年，苏-25开始执行夜间作战任务。在夜间任务中，使用SAB-100和SAB-250照明炸弹是必要的，这种炸弹由一支四机编队里的其中一架飞机挂载。扔下了带降落伞的照明炸弹后，剩下的3架苏-25可以借助亮光使用炸弹和火箭弹，以平缓的俯冲从照明炸弹的下方飞过。
在1985年10月12日至1986年10月17日间，378OShAP团的第二次轮战人员完成了不少于15620个战斗起落架次(包括了于1986年2月至10月间驻扎在坎大哈的3AE中队所完成的)，其中2510个是夜间架次。预定目标轰炸任务是5343架次(占总任务数的34%)，1AE和2AE中队的飞行员飞行时数在270至300小时之间，而每一名战区内的"蛙足"飞行员飞行时数在250至300小时之间，平均下来是224小时。苏-25遭受了72例战伤，其中54次由小口径武器和重机枪/高射机枪造成，另有18次是地空导弹造成的。4架飞机在紧急降落中坠毁或者达到了无法被修复的程度，还有一名飞行员阵亡。
378OShAP团1AE中队在1985年10月至1986年10月第二次轮战期间的飞行员，左一是弗拉迪斯拉夫.冈察连科(Vladislav Goncharenko)上尉，左三是谢尔盖.格里茨科维奇(Sergey Gritskevich)上尉。
首位在这次轮战期间被击落的苏-25飞行员就是团长鲁茨科伊中校自己。1986年4月6日，一支苏-25四机编队在低空攻击扎瓦尔省防御森严的圣战者补给设施时，鲁茨科伊的座机被高射炮和肩扛式地空导弹(可能是FIM-43红眼或SA-7)击落。他驾驶的飞机上安装了一台相机，用于拍摄轰炸损伤评估的照片，他于820英尺高度上以大攻角弹射，结果在降落时背部受重伤，而且手臂也骨折了。
少数情况下，驾驶着被地空导弹重创的苏-25的飞行员们选择紧急降落，而不是在敌人领空上跳伞。比如，在1986年4月18日，康斯坦丁.奥西波夫(Konstantin Ossipov)少校率领着一支四机编队，他的座机在第二次攻击扎瓦尔一座圣战者的要塞时被一枚地空导弹击中。被打穿的右侧发动机油箱引发了机身上的大火，烧坏了电子系统并烧掉了座舱里绝大多数仪表设备。意识到无法飞回巴格拉姆后，奥西波夫决定紧急降落在霍斯特的一条小跑道上----而且违抗了弹射跳伞的命令。更糟糕的是，他的飞机上仍旧挂载着一枚ODAB-500P温压弹，由于电路的失效而无法扔下。
就在降落前，这架苏-25的控制系统也因为大火而失效了。然而，幸运站在奥西波夫少校一侧，他的座机继续下降，而且最终着陆了。飞机重重地砸在地面上，把起落架折断了，这架受损的苏-25冲出了跑道，最后撞上了一头牛，停在了一座稻田里。被地空导弹一击，加上接下来的火和着陆时的重创，导致这架"蛙足"无法被修复。把飞机上所有有价值的物品都拆走后，这架苏-25在原地被炸毁。
这次轮战期间损失的第3架苏-25是由1AE中队的亚历山大.斯米尔诺夫(Alexander Smirnov)大尉驾驶的，他在1986年8月23日攻击靠近伊朗边境的科卡里-沙尔沙里(Kokari-Sharshari)一座补给设施时被一枚地空导弹击中。飞机起火后烧断了控制线路，飞行员被迫跳伞。平稳地降落后，斯米尔诺夫大尉被在战区上空盘旋的一架米-8搜救直升机接走。
在378OshAP团的第二次轮战期间，弗拉迪斯拉夫.冈察连科上尉因为他的杰出作战成就而被授予苏联英雄金星勋章，他完成了415个战斗起落架次，共计360个飞行小时。他是巴格拉姆基地1AE中队的中队长，后来成为了吉扎克372OIShAE中队的一名教官，在没有经验的飞行员前往阿富汗作战之前训练他们。
这次轮战期间第4架苏-25的损失是在1986年10月2日，2AE中队的亚历山大.巴拉诺夫(Alexander Baranov)上尉在夜间于巴格拉姆附近单机执行搜索打击任务时毫无征兆的和飞机一起消失了。他得到指示从巴格拉姆飞到喀布尔，再转向南边到巴基斯坦边境去搜索圣战者的活动----通常是开着车头灯的汽车和补给车队。接下来是为期4天的搜救行动，但什么也没有找到。
加强的防空
在1985年，圣战者的20mm厄利孔高射炮和12.7mm、14.5mm重机枪各自占据了苏军被击落飞机的25%和42%。DShK-12.7重机枪的有效射程是5000至6000英尺，而厄利孔高射炮的有效射程是6560英尺，到了1986年，苏联的军事情报部门估计，圣战者拥有不少于530挺重机枪和150门厄利孔高射炮。
1982年苏军首次报告说缴获了肩扛式的SA-7地空导弹，而圣战者们在第二年成功地使用了这种武器。1984年，据说圣战者们制造了62个地空导弹发射器，这个数字在1985年增长到了147个，1986年猛增到847个，不少于23架苏联的固定翼飞机和直升机被这种武器击落。
在1986年3月至4月间于霍斯特地区发动的一次大规模进攻中，谢尔盖.格里茨科维奇(Sergey Gritskevich)大尉(在1985至86年间参与轮战的一名苏-25飞行员)回忆道地面上的前进空中管制员曾经数过，有大约60枚地空导弹向"蛙足"飞来。后来才发现，期中绝大多数都是无制导的RPG-7火箭筒，火箭弹在飞出去后会留下独特的尾迹，然后由定时引信在天上引爆，爆炸后会产生一小团烟云。
在阿富汗的机场附近，除了前哨阵地以外，还分别散落着雷区和带刺的电网，以防止破坏。
