几个月后，发生了一起看起来是不可能的巧合，109中队又发生了一起类似的事故。一支闪电D中队从拉马特戴维基地起飞准备进行例行训练，就在3号机(闪电072)起飞的时候，4号机机组注意到3号机的右起落架下喷出一道白烟，但3号机的机组没有发现任何异常之处。可是机组将起落架收起来后，发现右起落架的指示灯还是红的，这表明右起落架没有被完全收起来。编队长机检查了受损的部位，注意到起落架支柱已经完全展开。使得无法将主起落架收回到舱内。这个情况被立刻报告给了在地面上的中队长和技术主管，但是这次失效的原因却一直未查明。因为这是在飞机起飞之后立刻发生的，飞机上还有相当数量的油料，因此没有什么时间压力。在地面上，又有一架飞机起飞来查明起落架失效的真正原因。在咨询过601中队的技术人员后认为是起落架减震器的液压油漏光了，这就是看到白烟的原因。最后决定将起落架保持在这个状态并借助主翼下的副油箱迫降，这支机组两次在低空从这个机场上飞过，编队长机检查并确认了起落架不会影响到这次迫降。最后，经过了1小时40分的飞行，这架飞机的副油箱触地，借助阻拦钩停下。后勤主管检查了这架飞机后发现右起落架减震器的一块圆片破裂，导致液压油流失。令人惊讶的是，这架飞机在这次事故中几乎没有收到损伤，很快就再度回到现役中。
2005年5月3日。109中队F-16D Blk30闪电041坠机现场，机组安全跳伞。
第三起关于起落架的事故发生在2005年5月3日，109中队的闪电088在完成训练后刚触地不久就再次发生右起落架折断的现象。此时已是预备役飞行员的伊纳夫.奥弗回忆道：“我降落的速度是130至140节，相对比较高，突然，我发现飞机向右急转。我试着将其控制住并放下阻拦钩，但就在我那么做的时候飞机已经错过了阻拦索。飞机以高速向右侧滑，那时我已经没有了想法，眼睁睁地看着跑道末端，而飞机的机鼻正在偏离跑道的末端。我把我们两人都弹了出去，这种情况下的处理方式就是弹射跳伞，因为F-16以超过50节的速度冲出跑道时很容易造成飞机侧翻，如果我晚了几秒钟弹射，也许我和我的领航员就不会在这个世界上了。”闪电088确实在冲出跑道后发生了侧翻，而且受损严重。整个过程都被当天参观拉马特.戴维基地的一名以色列空军杂志记者用相机拍了下来。此后这架闪电D被送往特尔.诺夫的以色列空军飞机维护中心修理。2012年5月3日，经过了近7年的大修之后，闪电088被重新交付给109中队。
2009年9月13日下午13:45，140中队的雀鹰140在进行空战机动训练时坠毁于布内.哈维尔(Bnei Haver)村附近，飞行员阿萨夫.拉蒙(Assaf Ramon，伊兰.拉蒙的长子)身亡，事故后的调查原因显示飞机员在机动过程中由于受到了较大的过载而丧失意识，最终导致飞机坠毁。
伊兰.拉蒙在1990年7月至1992年7月接替吉登.埃拉特成为117中队的新任中队长，之后前往105中队任职，照片中的巨型六芒星在90年代末期被涂在以色列空军的各种F-16上，用于将邻国约旦皇家空军的F-16A区别开。他是以色列的首位宇航员，2003年2月1日，由于哥伦比亚号航天飞机在返回地球的途中于大气层内发射解体事故而身亡，2009年9月13日，他的长子阿萨夫.拉蒙在驾驶F-16A雀鹰236时坠机身亡，此时距离他从以色列空军飞行学校毕业仅10周。
2010年11月10日晚上20:00发生了第二起风暴坠毁的事故，当时119中队的一支四机编队正在拉蒙基地附近的密兹佩(Mitzpeh)附近训练，风暴480毫无征兆突然坠毁，飞机的残骸和机组的遗体在第二天下午被找到。以色列空军派出的事故调查小组得出的结论是机组在夜间错误的判断高度导致飞机撞地，而且飞机坠毁前也没有任何无线电通信征兆，最后断定这是一起人为事故。
2013年1月2日，109中队再次发生了起落架折断的事故，这次是闪电074。当天，这架飞机在拉马特.戴维基地降落时起落架断裂并导致侧滑，当时的着陆速度是180英里/小时。意识到飞机冲出跑道后会发生侧翻的危险时飞行员将机组两人全部弹射出去，本文完成时闪电074仍然在修复过程中。
2013年7月7日，发生了第三起F-16I的坠毁事故，这次是107中队的中队长机风暴107，这架飞机在加沙走廊50千米外的地中海上空坠毁，失事原因是技术故障导致发动机失速，在机组试图重启发动机无效的情况下被迫跳伞，后被直升机安全救走。
2016年10月5日，119中队的中队长机风暴119在拉蒙基地降落时坠毁，飞行员奥哈德.科恩(Ohad Cohen)身亡，领航员安全跳伞，只是身受轻伤。根据有限的资料，这架飞机刚完成轰炸加沙地带哈马斯火箭发射阵地的任务，进场的时候已经放下了起落架，可是由于未知原因而起火。最初的调查显示未用完的弹药留在飞机挂架上，影响了进场时的平衡。科恩的举动是试图进行补偿，增加高度来进行安全降落，就在这时，飞机起火了。之后，以色列空军官方声明飞行员在降落时遵从了标准的流程。
2012年6月28日，完成近7年大修的闪电D 041重新进入现役。
伏击风暴
PK注：根据《Airforces Monthly》2018年4月号的报道，2018年2月10日，以色列那架跨境打击任务中被击落的F-16I，其实是被叙利亚和伊朗联合伏击，以下是伏击风暴的详细介绍。AH-64DI击落雷电无人机的相关内容更新到《战斗中的以色列空军攻击直升机》中。
据《Airforces Monthly》2018年4月号的报道，2月10日被叙利亚SA-5导弹击落的F-16I是201中队的风暴868，并非传闻中107中队的某架飞机。
2018年2月11日是伊朗伊斯兰革命40周年，为了向这次周年庆献礼，伊叙合作安排了一次伏击。他们计划先派无人机对以色列进行侦查，以色列必然会对其反击，他们则在以军攻击路线上埋伏防空导弹，击落这些前来空袭大马士革迈泽(Mezzeh)机场和放出雷电无人机的T4空军基地的以军战机。
2月10日凌晨，伊朗伊斯兰革命卫队的一架雷电(Saeghe)无人机从戈兰高地进入以色列境内深处后被以军一架AH-64DI击落。随后，以色列国防军果然按照叙利亚防空军和伊斯兰革命卫队的推测展开了反击。清晨06:00左右，4架107中队和4架201中队的F-16I攻击了3座叙利亚防空军阵地、4座伊斯兰革命卫队基地在内的12个目标。叙利亚防空军则按计划迅速发射了15至23枚地空导弹，其中至少有3枚陈旧的S-125(SA-3)、6枚远程S-200(SA-5)、6枚铠甲S1上的557E6(SA-22)。落在赫尔墨山上的导弹残骸显示叙利亚人的SA-6机动发射车还至少发射了一枚导弹。
落在约旦伊尔比德附近的SA-3导弹残骸。
叙利亚的一枚SA-6导弹残骸坠落在赫尔墨山上。
其中有2枚导弹(至少一枚为SA-5)击中了以军F-16I 风暴868号机，机组把受伤的战机飞回以色列领空后成功弹射，领航员安全降落，但由于弹射高度过低以及飞机失速进入螺旋，飞行员身受重伤。风暴868号机坠毁于以色列北部戈兰高地的耶斯列(Jezreel)峡谷里。以色列空军派出S-65 海燕2020 979号机实施救援，接走了2人并将伤者送往医院。
海燕 979号机将受伤的飞行员送往医院。
作为击落F-16I的报复，以色列空军再次对叙利亚的6个军和防空军部队同时展开空袭，并投入了F-16I和F-15I，这些目标分别是：
德拉(Daraa)以北伊兹拉(Izra)的叙利亚陆军第175导弹炮兵团；
德拉附近贾巴布(Jabab)的叙利亚防空军第89防空团；
大马士革郊区奇斯瓦赫(Al-Kiswah)的叙利亚陆军弹道导弹基地，那里同样也有伊斯兰革命卫队的顾问
大马士革郊区阿德拉耶(Ad Durayj)的叙利亚共和国卫队第104空降旅；
德拉以北阿莱克恩(Aleqain)的叙利亚防空军第150团；
大马士革西北阿迪马斯(Ad Dimas)的叙利亚防空军第13旅；
至少有1架哈比2攻击无人机被用于反雷达任务，打击T4基地内的伊斯兰革命卫队C2中心。这次F-16I的战损也促成了F-35I强大于2018年3月首次在叙利亚方向被投入实战。
F-16I 风暴868坠机地点和残骸。
