闪电机群另一个相关方面的升级就是对地攻击能力方面，闪电机群几乎可以使用以色列空军中的每一种空对地制导武器，从简单而又可靠的铁炸弹和激光制导炸弹到高级的GBU-15电视制导炸弹。然而，在2003年以前，只有装备了闪电D的中队才被赋予了对地攻击的使命，而剩下装备闪电C的110和117中队则将注意力集中在制空方面，对地攻击对于这两支中队来说总是次要任务，他们常用的对地武器是Mk82和Mk84铁炸弹。这5支闪电中队里2支制空、3支对地攻击的政策也改变了，在2003至2004年间，RAFAEL的SPICE电视制导炸弹和JDAM入役，这些精确制导武器可以使单座战斗机的飞行员可以同时精确地监视好几个目标，这种能力在之前的闪电C中队里是不可想象的。
JDAM是一种相对廉价的炸弹家族，能够通过在尾部换装一个新弹翼和引导装置，使得普通的铁炸弹也具备精确制导攻击能力。炸弹此后由GPS引导，而且方圆误差只有13米，这样的炸弹可以在距离目标15英里远的地方投掷，而且每一枚炸弹的目标不会重叠。JDAM是一种投掷后不管的武器，使得飞行员不必在炸弹下落过程中对目标保持锁定。110中队被以色列空军选为首先使用这种武器的战斗机中队。
110中队的闪电C384和389在一处十字军城堡旧址上空飞行，背景处是加利利湖、赫尔墨山和戈兰高地，飞机7号和5号挂点上挂载的是GBU-31(V)2/B GPS制导炸弹。
RAFAEL的SPICE炸弹则是一种革命性的武器，既可以通过电视图像识别目标也可以通过GPS自动引导，这种武器可以通过将捕捉到的照片和储存在内存里的照片相比较来识别目标。它的引导区域可以被存入大量的图像，而且一旦炸投放出去后可以自动识别目标。接下来，炸弹可以自己算出弹道并且将此反馈给飞行员，这样可以使得飞机以适当的方式飞行。因为SPICE是完全独立的一种弹药，几枚不同的炸弹可以同时投向几个不同的目标，使得飞行员不必在炸弹在飞行时保持对目标的照射，减小了被攻击的危险。117中队被指派为以色列空军里首先装备这种武器的中队，并将使用经验传授给其它中队。117中队向来在空战方面总是领先的，而这次是在对地攻击方面，也成为了以色列空军的重要支柱。
将闪电C通过使用精确对地攻击武器将其过渡成为战斗轰炸机导致了另一项重要的转变，起初，哈佐尔的两支闪电II中队混装15架闪电IIC和15架闪电IID，这样不同的组成不仅和拉马特戴维基地3支使用单一型号的中队完全不一样，而且需要训练闪电II的领航员并根据任务需要将他们的飞机分散到这两支中队里。通常情况下只会组成不同的编队，每支编队里只会有单座或者双座的飞机。这样最基本的不同离中队的臆想还相差很远，这样的混合搭配有一些优点，但是也有一些次要的实现方式。
90年代末发现，同一中队里闪电IID的飞行时数超过了闪电IIC，这是由于这段时期大量的夜间对地攻击任务所造成的，其中包括轰炸黎巴嫩境内的目标。执行这样的任务多有一双眼睛更好，很自然地就选择了闪电D。为了解决这样的不平衡，这些Blk 40批次的闪电IIC被临时转交给拉马特戴维基地的闪电C中队，以此来追上闪电IID的飞行时数，达成之后再还给哈佐尔基地。为了纠正这样的问题，在2004年12月，哈佐尔基地的飞机进行了重新分配：所有的双座型被交给105中队，所有的单座型归101中队，每支中队使用各自不同的武器，闪电IID使用GBU-15和激光制导炸弹，闪电IIC使用JDAM和SPICE。此时IsraDecal Studio的拉南.魏斯又给101中队的闪电II设计了新的垂尾图案，不仅有原先红白相间的条纹，而且中队队徽的骷髅也被放大并以深棕色喷涂在整个垂尾上。
2005年1月1日，101中队开始采用拉南.魏斯设计的新垂尾涂装。
为以色列空军的F-16研发出2种侦察吊舱后，闪电机群同样也加入到情报收集的行列中来。第一种由埃尔比特系统公司研发，在机身中线挂载的一个流线型吊舱里安装了倾斜图像拍摄的电视摄像头，这种“秃鹰2”吊舱在1995年公布于众并在1999年进入101中队服役。这种系统由一个红外传感器和一个带实时传输数据链的摄像头组成，并将图像传输给地面指挥站。这种吊舱可以在标准距离内传输大量的红外和光学实时图像，还可以传输/记录下飞行时所捕获的连续画面。另一个就是以色列飞机工业公司和ELTA开发的EL/M-2060P合成孔径雷达侦察系统，同样也被交付给101中队使用。和“秃鹰2”一样，这种设备被挂载在机身中线挂点处，但拍摄的是侧视雷达图像而不是红外/光学图像。它收集飞机飞行路线两侧的信息，并且通过数据链将实时图片传输给地面站点。
最终，在2009年夏，拉马特.戴维基地老旧的闪电模拟器在经过了20多年可靠的运行后被关闭了，之后接受了埃尔比特的大规模升级。2010年末，这个模拟器作为为所有闪电机群飞行员训练的高级模拟器在哈佐尔基地重启。现在，这台模拟器具有一个能够搭配夜视仪的双座座舱，这使得它可以承担机组所有类型的训练：基础的型号换装，例行的飞行能力检测以及战术低空飞行和武器投放。
装备二手F-16A/B的三支中队。左图：116“飞翼”(希伯来文：המעופף כנף，英文：The Flying Wing，其正式名称是南方守护者，希伯来文：הדרום מגיני，英文：The Defender Of The South)中队队徽，隶属内瓦蒂姆基地(Nevatim，希伯来文：נבטים)28联队，目前装备F-35A强大。中图：144“阿拉瓦守护者”(希伯来文：ערבה מגיני，英文：Arava Guardians)中队队徽----其正式名称为“凤凰”(希伯来文：עוף החול，英文：The Phoenix)，此中队于2005年10月10日解散。右图：115“飞龙”(希伯来文：המעופף הדרקון，英文：The Flying Dragon)中队队徽，此中队的F-16A/B退役后现装备F-16C/D闪电，属奥夫达(Ovda，希伯来文：עובדה)基地10联队的假想敌训练中队。
在这段时间里，为了迎接F-16I风暴的到来雀鹰机群也发生了一些变化，2003年3月，116“飞翼”中队的A-4N退役转而接收253中队F-16A/B雀鹰，后者为接下来F-16I的服役铺平道路。此外，116中队和140中队全部转移至内瓦蒂姆基地，116中队的新垂尾图案还是由IsraDecal Studio的拉南.威斯设计，因为具备使用精确制导武器能力的闪电机群显然已经成为以色列空军F-16队伍的主力，加上即将到来的风暴，“和平大理石I和IV”所接收的雀鹰专职为飞行员提供高级空战训练。2005年10月10日，仅重组10年的144中队再度宣告解散，和“平大理石IV”项目中所接收的单座机体全部退役，而115“飞龙”中队于1995年在拉蒙基地重新建，使用“和平大理石I”中接收的雀鹰和AH-1G毒蛇作为以色列空军的假想敌中队而存在，115中队新的垂尾图案同样由IsraDecal Studio的拉南.魏斯设计，在垂尾红色的尖头上画有一条黑龙。在此期间雀鹰沦为二线训练战机，参与作战行动时出力也不及闪电和闪电II，因此接受的改进不大，仅在垂尾左右两侧和机身尾部下方各安装了2个镁光弹投放器和干扰箔条投放器(和平大理石IV机体没安装)，并且装备了ACM空战机动吊舱用来记录训练中的各种数据，带回地面后可以在电脑中重新播放记录的整个过程，便于飞行员们进行分析。
左图：1999年，144中队换上沙漠迷彩的F-16A雀鹰740，垂尾上144中队的图案仍然没有改变。右图：2007年4月，陈列在海法以色列空军技术学校的F-16A雀鹰760，垂尾144中队的涂装是2003年后采用的新涂装。
