面对的困难
尽管90年代对于以色列空军的闪电和雀鹰机群来说是紧张的作战和漂浮不定的年代，但在闪电II服役的头几年里还是遭遇到了相当的挫折。在1994年，全世界的F-16都面临着一个严重的危机，同时在好几个国家中使用通用F110发动机的F-16出现了问题，其中遭灾的包括了邻近的埃及空军、美国空军和以色列空军。几次由发动机引起的坠机事故发生后，导致了全球所有Blk40批次的F-16全面停飞，受到影响的还有使用相同发动机的美国海军F-14B/D机群。
在以色列，这样的故障导致了2架闪电II的坠毁。第一起事故发生在1994年7月21日，当时101中队的飞行员吉尔(Gil)中尉正驾驶这闪电II 508和中队长拉姆.施穆埃里进行空战机动训练，发动机突然起火后部分解体。吉尔试着驾驶受损的飞机降落在哈佐尔，但是由于液压系统失效过猛地将机鼻下压(由发动机叶片互相挤压造成)迫使他在距离哈佐尔12英里处安全跳伞。第二起事故发生在1994年10月4日，在地中海上空飞行的105中队的闪电IID 621发动机突然起火，飞行员约夫.雅夫内(Yoav Yavne)少校多次试图驾驶飞机返回哈佐尔，但是距离太远，最后不得不在距离以色列海岸附近跳伞。
90年代初期，为了增加飞机的载弹量，以色列空军的闪电机群开始使用IMI公司的VER-2复合挂架，这样就可以让飞机挂载6枚1000磅Mk83炸弹，同时给挂载副油箱腾出位置。
在以色列，闪电II的全面停飞意味着在问题被解决之前101和105中队所有的任务都要被冻结。为了保持在作战状态下，12架闪电C从拉马特戴维基地飞抵哈佐尔，这些机体分别是：闪电305、309、333、337、350、360、367、368、376、384、386、389。这12架飞机由两支中队平摊，同时，一些闪电II安装回了早期型号的F110发动机，而且这些发动机也从拉马特.戴维基地运来。在检测了坠毁机型的动力系统后发现中间的风扇叶片出现了裂纹，导致了整台发动机的失效，问题被解决后，这些被借来的闪电C又还给了拉马特.戴维基地，而闪电II又开始了例行飞行。
在1994至1995年间发现，以色列空军中的闪电I也因为剧烈飞行而出现了问题，飞机的翼粱和其它部位的骨架上出现裂缝。根据生产商所说的，这样的裂缝应该在飞机服役的晚期才会出现，这也证明了以色列空军飞行员过度使用飞机使其产生了过早的疲劳。同样的事情也发生在F-16A/B雀鹰机群中，所有的闪电I和雀鹰都更换了有裂纹的部件。
就在闪电II重新回到现役后不久又发生了一起事故，这次事故让两架飞机报销，飞行员丧命。1995年7月18日黎明，一支101中队的闪电II D四机编队在地中海上空进行夜间飞行训练。就在中空平安无事的飞行时，两架飞机(闪电II 606和660)突然在空中相撞，其中闪电II 606机组中队长罗恩.施洛摩(Ron Shlomo)和领航员尤瓦尔.本雅明(Yuval Binyamin)身亡，第二支机组成功跳伞并获救，事故的原因从未被查明，之后253中队的中队长尼姆罗德.谢弗(Nirmord Sheffer)中校接任101中队的中队长。
2000年初编队飞行中117中队的闪电C，怪蛇4在使用时只挂载翼下的2号和8号挂点，而3号和7号挂点通常用来挂载对地攻击弹药，1号和9号挂点用来挂载AIM-9L响尾蛇。
1995年117中队派驻到南部奥夫达(Ovda)基地的一支分遣队的一架飞机遭受了中度损伤，正在进行空战训练的时候，闪电356的翼尖掉了下来，这一切都发生在飞机飞过另一架飞机尾流的过程中。这次训练任务离开被取消，飞机降落，但是飞机完成修复后又回到现役中。1997年12月23日，还是117中队，这次是闪电304在完成训练返航后遭遇到的事情，起落架放不下来。在和塔台咨询了之后，决定用机腹迫降，或者确切的说是机腹副油箱。飞行员在天上烧掉一些油料，而地面上则在为飞机迫降做准备。跑道被清除并喷上了泡沫，用来降低飞机和炮弹摩擦产生的热量。飞行员的进场做得很漂亮，副油箱触地后尽可能时间长地将飞机保持水平，值得注意的是，就算这架飞机停下来了也没有倒向侧面，受损的只有机鼻空速管。第二天，这架飞机被大型起重机吊起来，运入机库仔细检查，最后发现左起落架设备的一根管脚断了，使得起落架无法放下。这架飞机很快被修好，然后回到现役中。
就快进入新千年的时候，一些事故又影响到了拉马特戴维基地的闪电机群，主要的原因还是发动机问题。1998年8月9日，110中队的预备役飞行员拉菲.魏斯曼(Rafi Weisman)起飞进行例行训练，但是飞机起飞没多久发动机就失效了，他在距离地面仅800英尺高度跳伞并受了轻伤，但这架闪电368则完全损毁。1999年3月28日，109中队的闪电031正在地中海上空进行例行训练，突然，飞机发动机冒出火焰，机组尝试重启起火的发动机未果，最终，机组跳伞并被救走。但是在2000年3月27日，闪电077的机组就没这么幸运了，当时这架飞机正在模拟低空拦截直升机，快到20:00的时候，在机组说完最后一句话10秒不到，飞机就坠毁在地中海里了，飞行员约纳坦.贝京(Yonatan Begin)和领航员利奥尔.哈拉里(Lior Harari)身亡，看起来像是能见度太低导致机组撞海。
117中队的新垂尾涂装由拉南.魏斯设计，首先于2006年第二次黎巴嫩战争前在F-16C Blk30闪电348上试用，之后在2009年，放大版的涂装被中队正式采用。
