2004年2月19日，第一批2架风暴来到以色列，直接从沃斯堡的工厂飞抵内格夫沙漠的拉蒙基地。这两架飞机分别是风暴407(00-1005)和风暴408(00-1006)，在接收仪式上，这两架飞机被刷上了253中队的队徽。253中队是雀鹰刚抵达时成立的3支换装中队之一，1986年至1987年间，110和117中队相继换装闪电，而253中队则一直使用雀鹰到2003年3月31日，闪电服役后253中队一直都作为一支二线作战训练中队而存在，这一天，9支雀鹰4机编队从拉蒙起飞降落在内瓦蒂姆基地，将飞机转交给刚退掉A-4N的116中队。
接下来接收风暴的第2支中队是119“蝙蝠”中队，时间是2004年12月28日。第3支和第4支接受换装的中队分别是107“橙尾骑士”中队和201“第一”中队，时间分别是2006年7月5日和2008年7月9日。这两支中队装备的第二批风暴被赋予8XX的编号(除了107和201两机之外)。
每支风暴中队都由中队空勤和地勤人员选择，各自涂上了不一样的垂尾图案。2004年末，在119中队在垂尾上用棕色刷上了一只巨大的蝙蝠后，253中队才跟进，在中队飞机的垂尾上刷上了一只凤凰。所有4支F-16I中队的新垂尾图案均由IsraDecal Studio的拉南.魏斯设计。
107“橙尾骑士”(希伯来文：אבירי הזנב הכתום，英文：The Knight Of Orange Tail)中队队徽，此中队目前使用F-16I 风暴 (希伯来文：סופה，发音：sufa)，隶属哈则瑞姆(Hatzerim，希伯来文：חצרים)基地第6联队。
抵达拉蒙基地后，以色列空军司令丹.哈洛兹(Dan Halutz)和国防部长绍尔.莫法兹(Shaul Mofatz)给风暴贴上253中队的队徽。
2000至2013频繁的战斗和低损失率
2000年5月24日，以军完成从南黎巴嫩的撤军，真主党看起来已经没有正规的地面部队来和以军交战，因此获得了短崭的瞬间和平，与叙利亚和巴勒斯坦的和平谈判正在进行中。但是没过多久战事又再度爆发，2000年9月底，在美国主持的和平谈判中断了一个月之后，巴勒斯坦民族权力机构与以色列展开了一场准军事战斗，冲突在朱迪亚(Judea)、撒玛利亚(Samaria)和加沙走廊的巴解组织与以军之间爆发。
巴勒斯坦人使用的主要武器是自杀式人肉炸弹，这些人混进以色列的城市里，在公共汽车上或者人口密集的中心地带引爆。随着以色列平民死亡数目的上身，以军采取了新的回应措施：定点清除。主要目的就是在恐怖分子到达目标引爆炸弹前将其消灭，同样还敲掉恐怖分子的领导者及“炸弹工程师”。执行这些任务的主要是以色列空军的攻击直升机中队，但是偶尔还是需要更大的炸弹来干掉特定的重要人物。这种情况下就会出动战斗机，使用精确制导炸弹。再一次闪电D中队被指派为执行这样的任务，投下了一些激光制导炸弹。
119“蝙蝠”(希伯来文：העטלף，英文：The Bat)中队队徽，此中队目前使用F-16I 风暴 (希伯来文：סופה，发音：sufa)，隶属拉蒙(Ramon，希伯来文：רמון)基地第25联队。
2004年12月28日，在以色列空军司令埃利泽.施克迪的主持下，119中队开始接收第一架F-16I风暴，图中左一是119中队的中队长大卫(David)中校。
其中一次著名的定点清除行动发生在2002年7月22日，一架105中队的闪电II D轰炸了巴勒斯坦恐怖组织哈马斯军事领导人萨拉赫.谢哈迪(Salah Shehadeh)在加沙藏身的一座房屋。有情报说，谢哈迪已经察觉到以军正在追杀他，于是就经常住在其中一个妻子的身边(译注:伊斯兰教的婚姻法允许男子最多可以娶4个妻子)，以此将她作为人肉盾牌(这也是阿拉伯恐怖分子惯用的伎俩)。不管怎样，干掉他是一定要的，作为他妻子也是知道起不了什么无辜的作用。向房子投下2000磅的炸弹后，造成的爆炸将谢哈迪和另外15人炸死，其中一些是无辜的平民。这次行动成功地阻止了谢哈迪向平民发起的第二次恐怖袭击，同样也遭致了大量的国际抗议，至今还影响着现在的以色列官方政策。
“防卫之墙”行动
闪电参与的另一次行动是“防卫之墙”，由以军发起于2002年3月至4月间，为了报复在犹太人假日期间于以色列内塔尼亚的一座酒店内发动自杀式爆炸袭击，在这次袭击中共有30人死亡140多人受伤。“防卫之墙”行动的主要目的在于重新占领在朱迪亚和撒玛利亚的巴勒斯坦城镇，以此摧毁他们的恐怖设施以及对巴勒斯坦民族权力机构的支持。以色列国防军地面部队的几个师参与了这次行动，而且都得到了以色列空军攻击机的紧密保护，其中也包括了闪电中队。2003年7月，双方达成停火协议，针对巴勒斯坦人的行动几乎结束了。接下来的行动在零星地继续下去，但是约旦河西岸的巴勒斯坦恐怖组织几乎被完全消灭了。
左图：2006年7月5日的哈泽瑞姆基地，埃利泽.施克迪和107中队的中队长塔尔(Tal)中校握手，祝贺他们接收首架F-16I。右图：2008年7月9日的拉蒙基地，以色列空军司令伊杜.尼胡施坦和201中队的中队长绍尔(Shaul)中校庆祝201中队接收首架F-16I。
尽管在2003年后朱迪亚和撒玛利亚的活动急剧下降，并且在亚赛尔.阿拉法特(Yasser Arafat)于2004年11月死后与巴勒斯坦民族权力机构保持富成有效的合作。在2005年末，针对以色列又出现了两次紧张的局势。第一个是在加沙走廊，以军在2005年8月从那里撤出，那里很快就成为了哈马斯领导下的恐怖活动中心，每天都向以色列境内的城镇发射大量的自制火箭，第二个是在黎巴嫩，真主党多次寻找机会来攻击以色列，即便是以军已经于2000年8月完全撤出了黎巴嫩。
在2000年至2002年之间，真主党的攻击一直没有间断，并且决定通过攻击黎巴嫩境内的叙利亚目标来向叙利亚领导层发出关于真主党零星攻击的信号。比如，2000年11月，在真主党袭击以色列边境的一个哨所炸死几名以军士兵后，109中队的闪电D轰炸了贝鲁特东北30千米处的一座叙利亚雷达站。这座雷达站被完全摧毁，所有飞机都安全地返回了拉马特.戴维基地，这样的攻击一支持续到2005年4月，叙利亚在美国和国际社会的压力下从黎巴嫩撤军。
2004年2月20日，253中队长阿米卡姆·诺金(Amikam Norkin)中校和尤瓦尔(Yuval)少校在驾驶风暴408起飞前接受电视台采访，这是F-16I第一次在以色列飞行。
阿米卡姆·诺金后来官至少将，从2017年8月10日起，接替沙伊·埃舍尔成为新任以色列空军司令。
JDAM首战
在与巴勒斯坦人紧张的战斗结束时，一次使用新的JDAM炸弹的机会到来了。2003年10月4日星期日下午14:10，一名巴勒斯坦女子在以色列北部城市海法的一座酒店引爆了捆绑在自己身上的炸弹。这起自杀爆炸恐怖袭击事件中21人被炸死，另有数十人受伤。后来证明，这名执行自杀式袭击的女子受到大马士革的伊斯兰激进派别圣战组织杰哈德的委派。而杰哈德的指挥部和训练营地都在叙利亚境内。“我非常清楚，我们很快又要投入战斗了。”时任110中队的中队长吉夫(Ziv)中校说。
入夜后，这个应急计划成为了一道作战命令，以军总参谋长摩西.亚龙(Moshe Ya’alon)将军接下来命令以色列空军准备对叙利亚腹地大马士革旁边20千米处一座杰哈德的营地展开打击。“这是我们第一次在实战中使用JDAM，”吉夫中校回忆道，“我知道我们将前往叙利亚首都附近执行攻击任务，而且从应对敌人防空火力到截击机方面方面都做好了准备。”这次行动需要极高的精度，因此吉夫中校和117中队的中队长都参与了作战。
10月5日星期日凌晨03:00，距这次恐怖袭击事件过去13小时，两架来自110中队的闪电C(闪电381和383)以及两架来自117中队的闪电C(闪电333和326)从拉马特.戴维基地起飞，深入叙利亚境内，目标是伊斯兰圣战组织杰哈德在大马士革附近萨希卜(Ein Saheb)的恐怖分子训练营。这些F-16每架都挂载了2枚GBU-31（战斗部为Mk84的JDAM）炸弹，一架接一架地扔下炸弹。“过了一会儿，我们看见了爆炸，直接命中目标。”行动将整个营地彻底炸毁。
以色列空军的F-16翼下挂载的GPS制导联合直接攻击弹药(JDAM)，照片中地勤正在安装怪蛇4导弹。
