当战争在9月6日全面爆发后，巴基斯坦空军被指控轰炸了在阿姆利则(Amritsar)的锡克教精神中心，但损坏来自于之后一架执行侦察任务的F-104所制造的音爆。巴基斯坦空军第9中队在当天转去负责防空，到了当天的黄昏又变成了战斗空中巡逻。而阿富塔布.阿拉姆上尉和阿姆贾德.侯赛因(Amjad Hussain)上尉于15000英尺高度巡逻时发现了4架来自印度空军第1中队“老虎”的4架神秘4A，这些飞机在普拉卡什.塔内贾(Om Prakash ‘Omi’ Taneja)中校的指挥下攻击伽卡尔(Ghakkar)附近的油罐，神秘4飞行员帕特里克.厄尔(Patrick Russell 'Paddy' Earle)少校看见F-104A向他们俯冲下来，而他的编队正贴着地面以450节的速度向边境飞去，阿富塔布.阿拉姆(他把主翼副油箱扔掉了)在瑟盖瑟尔雷达防空管制员的引导下从他的后面迅速接近，他的僚机留在上方提供无线电中继，阿富塔布.阿拉姆后来报告道：
“机动在树梢高度开始，我的眼睛紧盯着目标不放，我可以感觉到大过载下的那种应力，在树林上高速飞过的同时观察着它的尾部，只要犯一个错误我就会撞向地面。这架F-104A开着加力，操纵杆响应得很好，我使用襟翼在需要的情况下来提升飞机的转向能力。在极限范围飞行中，‘震杆’起到了很好的作用。我打开武器的保险，决定用导弹把前2架(神秘4)打下来，然后用航炮干掉剩下的2架。我完全知道为了确保命中而禁止在10000英尺高度以下使用导弹，然而，我很自信地感觉到只要目标和背景的热源存在差异的话，它们可以在任何高度上使用，耳机里的‘滋滋’声越来越响让我更加深信不疑。”
1966年，巴基斯坦空军的F-104A 56-0875和歼-6 917号机停放在一起，前面是驾驶这2种战斗机的飞行员----第9中队使用这2种飞机。照片后排从左至右分别是阿曼努拉(Amanullah)上尉、萨利姆.山达尔(Salim Sandal)中尉、阿里夫.曼佐尔(Arif Manzoor)中尉、拉希德.巴蒂(Rashid Bhatti)上尉、穆斯塔克(Mushtaq)中尉、阿巴斯.米尔扎(Abbas Mirza)上尉；前排从左至右分别是古拉姆.奥马尔.阿巴西(Ghulam Omar Abbassi)上尉、法鲁克.乌马尔上尉、默文.米德尔科特少校(中队长)、哈基毛拉.侯赛因(Hakimullah Hussein)少校、伊萨克(Ishaq)上尉、阿夫塔布.阿拉姆上尉。飞行员们认为F-104A的座舱布局更加合理，而米格-19的飞行控制和仪表布局更加繁琐。这架F-104后来陈列在查克拉拉的巴基斯坦空军司令部。
阿富塔布.阿拉姆准备好了一枚响尾蛇，朝距离最近的那架神秘4发射了一枚导弹并笔直地爬升，被导弹发射的火焰眩花了眼，他没有看到目标被击中。然而，巴基斯坦地面部队在拉瓦利(Rahwali)机场附近的地面上发现了火光和爆炸，但印度空军声称那些火焰是由于厄尔那架神秘4扔下的副油箱爆炸所致。可是，巴基斯坦空军宣称这是F-104A的第一个战果，同样也是巴基斯坦空军的第一个空空导弹战果。
对巴基斯坦空军基地的攻击从9月7日开始，当时，阿姆贾德.侯赛因上尉的F-104A正在萨戈达上空执行战斗空中巡逻任务，结果看见了6架“老虎”中队的神秘4正在攻击“狮鹫”中队的驻扎地，他向这支编队冲过去，在距离萨戈达8英里的地方追上了他们，并在大约100英尺的高度处发射了一枚AIM-9B。这枚导弹砸向了地面，接着他把距离拉近到航炮的射程内，看见20mm炮弹击中了一架神秘4。第二架神秘4转向阿姆贾德.侯赛因，迫使他爬升至15000英尺，做出一个高速yo-yo机动，以保证他可以再度攻击。再一次拉近到航炮射程内(3000英尺)后，他向那架印度空军的战斗机开火了，这架神秘4在他前方1000英尺处爆炸。
印度空军承认了这架神秘4的飞行员阿贾马达.德维亚(Ajamada B Deveyya)少校阵亡，但是同样也声称他迫使阿姆贾德.侯赛因进入了低空的盘旋格斗，而这种法制战斗机更好的盘旋性能使得德维亚能够使用他的德发552航炮，把侯赛因的F-104A 56-0877打成重伤。在侯赛因看来，在他用航炮把那架神秘4打爆后，飞出的残片击中了他的F-104A，当飞机开始向左侧滚转后迫使他在100英尺高度处弹射跳伞，他的降落伞就在地面上打开，然后他骑着马、坐着吉普车，最后搭乘一架直升机返回了基地。
看起来像是阿姆贾德.侯赛因想通过一个高速yo-yo机动来和德维亚盘旋，而在yo-yo机动最低高度处接近的速度之快使得他无法躲开神秘4爆炸的碎片。在当时的中队成员法鲁克.乌马尔中将看来，阿姆贾德的操纵系统很可能是被打坏了：
“即便是神秘4以近500节的速度飞行，阿姆贾德接近的速度也许超出了对手150至200节。开完炮的时候可能距离那架神秘4太近了，就是说1000英尺，这样就让他的发动机吸入了碎片。同样，如果一架F-104A以如此高的想对速度差冲到了一架神秘4的前方，就算是那名印度空军的飞行员把油门推到最大，他也无法躲开F-104A的航炮击杀。”
“狮鹫”中队在接下来的一周时间里和印度空军飞机的接触非常少，9月11日，哈基毛拉上尉在印度上空巡逻，但是油料不多了，他得到警告说有两批印度空军的战斗机在向他飞来，其中包括2架蚊蚋。他朝这些飞机冲下去，用响尾蛇导弹瞄准他们，但是处在AIM-9B导弹的发射参数范围之外。重新将自己置于其中的一架蚊蚋的后方，听到了耳机里强烈的“滋滋”响后，但是也得到了另外2架印度空军的战斗机正在接近中的警告。
阿姆贾德.侯赛因.汗(Amijad Hussein Khan)于1965年9月7日击落了一架印度空军的神秘4A，但之后因为他驾驶的F-104A撞伤敌机的残片而被迫跳伞。这是巴基斯坦空军在1965年承认的唯一一例战损，而在1988年，印度空军追授飞行员阿贾马达.德维亚(Ajamada B Deveyya)少校最高荣誉“杰出战士勋章”。如果德维亚的炮弹真是造成损失的原因，那么这也是印度空军神秘4A的唯一一个空战战果。阿里夫.伊克巴尔(Arif Iqbal)上尉同样有机会去击落一架神秘4A，但是在他开火之前，一名F-86飞行员抢在他前面把敌机击落了。
哈基毛拉识别出新的威胁是米格-21，并转向他们，但注意到他的油料已经低得令人担心，所以就打开加力躲开他们。接下来，另2架米格-21F-13朝他迎面飞来，而他借助F-104强大的加速度以超音速从他们下方飞过，离开印度领空。印度人的记录显示他也许是误将猎人当成了米格-21，而且4架印度空军最现代化的米格-21同一片小区域上空巡逻是非常少见的。猎人在当天的飞行很活跃，而且另外2名F-104飞行员在他们的巡逻区内攻击拉合尔-卡苏尔(Lahore-Kasur)公路大桥时遭遇了印度空军第7中队的飞机。哈基毛拉降落在里萨拉瓦拉(Risalawala)的前进机场，他的油料少到飞机在跑道上滑行的时候都喷火了。
巴基斯坦空军的F-104是唯一能在夜间拦截印度空军堪培拉的战斗机，尽管这种轰炸机很大，而且速度极限在380节左右，但它可以在巴基斯坦的雷达搜索范围以下飞行并穿越印度和巴基斯坦边境西部1000英里长的边境地带的任何一个地方。入侵者只会遭到来自萨戈达或者白沙瓦(Peshawar)的双机巡逻编队的拦截，而且交战通常都是偶然的，同时，巴基斯坦空军也在使用两支中队的B-57B堪培拉轻型轰炸机用于夜间空袭印度的机场。