479TFW联队的飞行员们发现米格机飞行员刻意避开与F-104的纠缠，就像是美国海军的F-8十字军战士机群同样认为北越空军被告知在战斗中离他们远点一样。从一开始就可以看到，保护脆弱的大眼机的任务是关键，而且如果没有F-104C护航机的时候，或者数量减少至没法执行障碍战斗空中巡逻任务的时候，很多轰炸行动都被取消了。大眼机对于北越上空美机的重要性在1965年7月变得很明显，当时一架522AEW&CW联队的EC-121引导一架F-4C鬼怪II获得了首个在预警机指挥下的空战战果(详见美国空军鬼怪II米格杀手1965-1968 Part2)，接下来的13931个战斗任务中又有24架跟着被击落，而F-104C飞行员们可以很正当地宣称来分享这样的成功。
拦截大眼“康尼”预警机的对抗不只是北越，共产主义中国在一些时候也会从海南岛上派出战斗机去拦截离得太近的美军飞机。有一次，乔治.威尔斯率领着一支护航编队执行任务，这时，那支EC-121机组说他们发现了一个潜在的敌机目标，正从海南方向飞来。威尔斯和他的僚机大过载转向敌机，而这个目标及时地调头返回岛上。F-104编队回到了他们的路线上，过了一会儿被告知敌机又回来指向他们，乔治威尔斯解释道接下来发生的：
“我加速到大约1.6马赫，同时我得到通知说我的目标在‘12点钟方向’12英里处。‘你的目标现在在距离6英里处，保持航向。’(大眼机上的管制员发出的指示)我知道在这样的距离上很快就可以用肉眼发现目标。我当时的肾上腺素分泌得很快，因为我在过去积累的所有的训练和战斗经验都希望被用在这一刻，把这架米格机击落。
2架F-104C正在前去执行大眼EC-121的护航任务，EC-121预警机可以发现在8000英尺高度以上飞行的敌机，以便向周围的美军机组发出警告，但是却无法探测出具体的高度数值。而且当美军机组进入到中国和越南边境的缓冲区时也会得到预警机的警告。EC-121上搭载的机组成员最多30人，糟糕的机内空调设施让机组们在超过华氏120°的高温下工作，加上舱内带散热风扇的仪器设备，条件更加苦不堪言，飞机上的医生经常要应对中暑的现象。522AEW&CW联队的EC-121在9年间执行了13921次作战任务，完成了超过98000个飞行小时。事实上，在这些徘徊于北越岸边的预警机，没有被敌机击落1架，这就证明了F-104(以及后来的F-4)的护航是多么成功，而且最长的护航飞行时间达到了17个小时、F-104C机组的任务最多为5个小时，在战斗岗位上飞40至90分钟后就要去加油，此外还有从岘港发起航程长达250英里的转场飞行。
“就在我的僚机和我饥渴地搜索着前方时，我注意到我们正在快速接近中国的南部沿海，大约在距离中国海岸线1至2英里的时候，我拉出了一个6G的过载，转向相反的方向。我几乎是瞬间做出的反应，我意识到这很像是一架中国的米格机，而且应该谨慎地不要从中国本土上空飞越并一架击落他们的飞机。如果我在东京湾上把他击落，那就没什么话可说了----至少证据可以被展现出来。我降落在岘港后向情报部门报告了这次事件，而且从未得到上级一个字的回复。我猜想我们完成了任务，因为那架EC-121没有被击落。”
攻击护航
F-104C在攻击编队护航过程中的主要任务就是让米格机远离F-105机群。再次证明了星战斗机所建立起的空中优势。护航任务与8TFW联队45TFS中队的F-4C鬼怪II共同承担，他们自1965年4月9日起开始为期120天的临时部署，与F-105攻击机群合作。作为一款护航战斗机，F-104C比起被取代的F-100D拥有更高的速度优势，后者因为在4月4日轰炸咸龙大桥的护航中没有保护住攻击编队，导致3架F-105D和一架F-100D被击落(详见战斗中的F-100超佩刀)，所以从战斗空中巡逻的序列中被撤下来了。
当2架F-4C鬼怪II在7月24日被3枚SA-2地空导弹击落后，林登.约翰逊总统于3天后授权打击河内和海防地区的两座地空导弹阵地，48架“Spring High”F-105D是主攻机群，另有58架飞机为其提供支援，其中就有8架F-104C。然而，损失6架雷公则与F-104一点关系都没有，它们都是被高射炮击落的，这是导致F-105战损最常见的起因。
1965年，地勤们正在岘港机场上维护F-104C-10-LO 57-0916。其中一个例行检查项目就是要一名技术人员钻到加力燃烧室里，用喷气校订测试设备烂检查点火系统。狭窄的发动机进气道上的冲击锥在速度增加的时候会向前移动，一开始就要求一个小个子爬进去检查发动机的前部。保罗.克拉特(Paul Klatt)是一个4英尺高的夜总会演员，他在韦斯托弗和汉密尔顿基地里都干过这活。479TFW联队在岘港的机务组长是‘Doc’布兰查德(Blanchard)军士长。
一年后，在1966年6月29日，435TFS中队的F-104C参与了第一波针对主要的汽油、石油和润滑油(POL，统称油料)设施展开的空袭，与24架F-4C共同承担战斗空中巡逻任务，为25架F-105D组成的攻击编队护航，他们遭到了北越923团4架米格-17的拦截。一架米格机被击落，获得战果的是一名F-105D飞行员，而且不是在执行空战战斗空中巡逻任务(MiGCAP)的那些飞行员。攻击机群经常报告说北越空军高效的地面管制使得米格机能够绕开空战战斗空中巡逻的编队去攻击F-105，一些时候，能够通过指示米格机在低空借助“地面杂波”来躲避EC-121D和美国海军雷达的探测。
因为空战战斗空中巡逻的编队通常在靠近米格机机场的附近飞行，以此来截断它们前去拦截攻击机群的路线，所以F-104C或者F-4C在F-105遭到敌机从其它方向发动的攻击时还在很远的地方，拖延了他们干预的时间。那里经常还会有无线电通信中断的情况发生，在战斗机编队和军舰上的“红冠”指挥台或EC-121雷达管制机之间，一般都是无线电通信过载的结果。
另一次任务即将开始，在前往436TFS中队起飞线的途中，沃尔特.哈里斯(Walt Harries)上尉、哈罗德.阿尔斯顿(Harold Alston)中尉、约翰.奥尔森(John Olson)上尉、杰克.盖尔(Jack Gale)上尉(从左至右)坐在一辆皮卡上。
当时遭遇一架米格-17是很稀罕的事，而且空战战斗空中巡逻的F-104C有时处于不利的位置上。在乔治.威尔斯执行过的一次战斗空中巡逻任务中，他当时是编队的3号机，长机是沃尔特.埃尔文少校，他们在河南以南30英里处巡逻，把米格机前去拦截一支轰炸奠边府地区的F-105机群的道路截断，这里在他的巡逻位置西北方100英里处开外。“米格机机场在河内以北，和我们比起来，他们飞到那里的距离更短，幸运的是，那些雷公没有要我们去帮忙。”两支F-104C编队各自相隔1.5英里，处在很好的防御位置上，而且向西前往他们的巡逻点，准备拦截任何可能接近的米格机，就像乔治.威尔斯回忆道的：
“我注意到在蓝天上的很远处出现了一道像镜面一样的闪光----一个小黑点，看起来像是朝我们的方向飞来。我把自己看到的告诉了埃尔文少校，而他回答道发现了一架敌机。我们都打开了航炮的保险，目不转睛地看着那个黑点变成一架飞机。就在这架飞机向东飞去，从带队的那架F-104C南边掠过时，我们4个人几乎同时按下了话筒按钮，我能记得起，不是太冷静，而且带着几分升高分贝的叫喊‘它是架米格机！’很明显，那架米格机的飞行员之前没有发现我们，直到他切实掌握了我们的位置。就在我们打开加力大过载向左转之际，那架米格机扔下了所有的副油箱，它们旋转着摇摆地向下落去，周围都是洒出来的油料。”
在一个能够轻松检查的加压隔间舱盖下包装F-104的电子设备大大缓解了维护压力，尤其是在1965年436TFS中队驻扎的这种严酷的越南环境下。这个舱盖通常在加油的时候才打开，以避免烟雾的积聚。洛克希德这种创新的模块式方法同样意味着“罐子”的更换过程相当简单，或者在之后的F-104G上变得适于战斗、攻击或侦察需要。F-104C-5-LO 56-0892第二次前往乌隆的时候刷上了“Miss Bevie J.VI/My Darlin’ Dorothy”的名字。
