为了保持针对任何类似事件的任务准备，F-104C机群之间进行了相当数量的空战训练。战术空军司令部同样也要求被部署出去的中队保持射击和投弹的能力，因此他们在扎拉格萨的靶场上训练。当托雷洪基地65AD师的F-86D换成F-102A后，436FIS中队也在西班牙的基地上待命警戒，479TFW联队在默隆的冷战部署一直持续到1963年。
479TFW联队同样在柏林墙危机期间与空中国民警卫队的F-104A一起承担警戒任务，并把飞机派到哈恩和拉姆施泰因基地里。这次冲突是被当成一次实战来处理的，例证就是435TFS中队的F-104C在1961年的整个9月都驻扎于默隆基地，在跑道的尽头满载弹药，准备随时前往拉姆施泰因。飞行员们得到警告说，他们的行动有可能遭到距离边境几英里开外东德机场上米格机的拦截。乔治.威尔斯(George Wells)最近才转来驾驶F-104C，他加入了435TFS中队的这次部署：
“当我们抵达拉姆施泰因的时候，一名该地区指挥部的空军上校向我们介绍了目前冲突的局势，我们被告知苏联人威胁要击落一些往柏林运送补给的货机。他追加道如果他们敢把我们空军的一架飞机打下来，那么我们将上天去把这些‘混蛋都打下来’。”
之后再度战术这种联队作战能力的就是他们在赢得了1962年威廉.退尔战斗机武器竞赛的第一名。查尔斯.托费里(Charles Tofferi)上尉交替驾驶F-104C 57-0914和57-0915号机，在常规和核武器投放以及航炮射击中击败了14名F-100和F-105D飞行员。他在空对空航炮射击、空对地火箭弹射击、扫射和凝固汽油弹的头顶总分接近完美(3000点)，吸引了很多人的目光来关注F-104的武器能力。托费里后来没过多久便于1966年10月在老挝上空阵亡。
-84F这架337FIS中队的F-104A-30-LO把发动机的液压维护板放下来了，使得地勤可以非常简单地检查两台液压系统。在后面是一根最近才被装上的阻拦钩，这也是百系列飞机上首次使用这种物品。阻拦钩是紧急降落中最后的减速手段，因为18英尺直径的减速伞是最普遍的减速方法，减少了15%的滑行距离。飞机的减速伞会让飞机的机鼻稍微下滑，因此飞行员要一直等到3个起落架全部触地才把减速伞抛弃。可变位置的减速板从机身下方伸出，能够在各种速度范围内使用，但是在1.6马赫以上会导致机鼻突然向下，以及压发动机缩涡轮的风扇叶片失速。而在起飞的设定状态下可以作为机动襟翼使用，改进飞机的低速盘旋性能。
到了1963年，美国空军修订了对F-104的计划，把订单的数量从722架裁剪至296架，同样还决定把各州空中国民警卫队的F-104A交还给国家的联邦防空司令部。由于这一决定，胡德少将基本上就是这样被派去执行一次高空拦截任务，处在5分钟待命警戒状态去截击一个“入侵者”。没有被告知其身份，胡德的“目标”是一个被F-101拖拽的靶标，在56000英尺高度上飞行----巫毒的最大升限：
“我以2马赫的速度向那架F-101飞去，如果我能够与那架飞机联络上，我就会去联系他，但我们没有理由这么做。我能够很轻松地爬升到10000英尺，但是我把速度降下来，在63000英尺高度上做了一个破S机动并返回了基地，同时朝南边离开。当我回去之后，我给那名F-101飞行员打了电话，他问道‘是你跟在我后面么？’我说‘那真正的目标是什么？’他回答说真正的目标在他前面20英里处的15000英尺上方。我们都宣誓保密，但是后来我得知目标是一架U-2，也许是中情局的，而且我被派去查看它的身份，还没穿抗荷服。
“后来，空军作战参谋部的寇蒂斯.李梅将军说‘空中国民警卫队用我们唯一的一种高空截击机在做什么？我要这些飞机回到现役，有没有飞行员都行。’我们最近才完成了在欧洲为期9个月的部署回来，由于预备役飞行员不想回到现役中，这样就把飞机让给了我们。他被告知他将拥有一些无人驾驶的飞机。这样他们就把F-102给我们了。”
这架F-104A-20-LO 56-0824“CITY OF KEMP”隶属于韦伯基地的331FIS中队，在机鼻上涂有“走鹃”的中队队徽，并在“美国空军”的字样上涂有优秀单位表彰的勋略。作为32AD师重新被划归给防空司令部旗下的3支F-104A中队之一，331FIS中队在1967年把飞机和人员都转交给了4760CCTS中队，用于训练约旦飞行员。这架飞机于1972年以921/R的编号被转交给约旦空军第9中队，2年后在飞行事故中坠毁。
319FIS中队在1963年3月从F-102A换装为F-104A，并跟随32AD师被转移到佛罗里达的霍姆斯特德基地。它是美国空军最后一支使用F-104A的作战单位，而且直至该支中队于1969年12月解散。他们的飞机在60年代中用J79-GE-19发动机替换了原先使用的J79-GE-3A，前者拥有一个改进后的尾喷管，而且还具有高压缩比。“Dash 19”惊人的动力从12850磅提升至18900磅(加力推力)，显著地改善了超音速飞行的加速性。通常使用J79-GE-3A发动机的飞机从高亚音速加速到2马赫要花上4分钟的时间，但是改进过后的J79和最后生产的F-104S以及F-4E鬼怪II上的发动机一样，在四分之一的距离上把时间减少了一半，而且更加节省油料。它可以在25000英尺高度处不开加力就超过音速，而在低空，这种飞机能够以0.9马赫的速度持续巡航，同时，军用推力的速度限制为750英里/小时。
穿上部分抗荷的飞行服，飞行员练习在60000英尺高度以上拦截U-2，以1.8马赫的速度发现目标，并在70000英尺高度以上保持2马赫速度。在后来的测试中，即便是在盘旋战斗中，安装了“Dash 19”发动机的F-104还战胜了美国人驾驶的米格-17及米格-21。这种飞机还重新装上了M61航炮，而且改进了座舱的增压系统。
在1963年3月，德州韦伯基地的331FIS中队同样从F-102A换装至F-104A并一直使用到1967年，而且在1965年的多米尼加共和国冲突期间被部署到波多黎各，在那里一共有7支战术空军司令部的联队在待命警戒。