巴基斯坦空军的星战斗机最初参与了卡奇沼泽地(Rann of Kutch)上空的战斗，这是印巴边境处一片矿产资源丰富的地区，而巴基斯坦军队于1965年3月进入这里。战斗在4月打响，2架F-104A被派遣到毛里普尔(Mauripur)空军基地，在印度边境处巡逻。一架执行侦察任务的印度空军堪培拉PR.57侦察机遭到了拦截，并被跟踪了10分钟，但是星战斗机飞行员被告知不要将其击落。
到了9月，焦点被转移到有争议的克什米尔地区，而且巴基斯坦空军第9中队开始在30000英尺高度上执行战斗空中巡逻任务，其中很大一部分都是夜间的堪培拉侦察机拦截行动。F-104的ASG-14雷达搜索范围很小，自旋扫描火控雷达只被用于昼间高空条件下，而且飞行员们严重依赖地面管制信息来进行拦截。巴基斯坦的早期预警雷达覆盖面并不完整，因为他们只有2座主要的雷达站，一座在巴基斯坦西部的巴丁(Badin)，另一座在瑟盖瑟尔(Sakesar)山的顶峰上----在这里，通用电气的FPS-6雷达能够让操作员清晰地看到很多印度空军的机场，卡拉奇机场上还有一台进场雷达，皮尔帕索(Pir Patho)有一台AR-1雷达，就像空军中将法鲁克.乌马尔(Farooq Umar)回忆道的：
“1965年，雷达系统在覆盖范围上有缺陷，而我得依靠沿边境部署开的那些机动观察部队，他们就像外面的带子一样，每支相隔5英里。他们会报告有谁靠近了边境，然后内带(观察员)靠近地面，他将会确认入侵者的速度和方向，接下来，终端的低空雷达将在25英里开外的地方发现入侵者，并引导战斗机进行一次成功的拦截。”
1966年，巴基斯坦空军参谋长努尔.汗中将准备开始他的第一次F-104A飞行，站在登机梯上的是法鲁克.乌马尔(Farooq Umar)上尉。
这种系统的复杂性必然导致了拦截的时间延迟，堪培拉飞行员可以通过在1000英尺高度以下飞行来躲开执行战斗空中巡逻任务的战斗机，它们也就消失在了F-104雷达的地面杂波里。巴基斯坦飞行员有时飞的更低，希望于能够透过天空的背景来用肉眼发现堪培拉，但是知道他们的雷达会触发堪培拉尾部的橙色击杆(Orange Putter)雷达告警器，告诉他们迫在眉睫的拦截。
F-104在印度空军的飞行员中拥有很高的声望，他们在开战之前将其称为“流氓”，1965年9月3日，印度空军第23中队的8架蚊蚋被部署到伯坦果德(Pathankot)，用于支援在中空引诱巴基斯坦空军F-86飞行员的神秘4。这些蚊蚋由威廉.格林(William ‘Johnny’ Greene)少校和特雷沃.基洛(Trevor Keelor)少校率领，跟在神秘4后方100英尺高的低空，准备进行伏击，两人都是在英国皇家空军里接受训练的。一支正在巡逻中的F-86F双机编队被派去拦截他们，基洛打伤了尤素福.汗(Yousuf Khan)少校驾驶的F-86F(印度空军宣称的第一个空战战果，但是被巴基斯坦空军否认了)，而且就在V.S.帕塔尼亚(Pathania)上尉准备开火的前一秒钟，2架星战斗机被召来解救这些F-86F，它们以500节的速度向蚊蚋冲下去，而且冲过头了，把印度空军的战斗机飞行员们吓了一跳，但是在克里什纳斯瓦米(Krishnaswamy)上尉的30mm航炮正前方逐渐远去。
这名蚊蚋飞行员迟疑了一下，也许是被星战斗机的出现吓了一跳，接下来印度空军的飞行员们由于油料过低而调头返航。其中一架蚊蚋(IE 1083号机)，由锡克族高级飞行指挥官布里.锡坎德(Brij Pal Sikand)少校驾驶，在陌生的地形上空与大编队走散了，并向一座机场飞去，结果出现在了2架即将降落的星战斗机的视野里。阿巴斯.米尔扎(Abbas Mirza)中尉驾驶着F-104A 56-0877号机，他反映道“我和哈基毛拉(Hakimulah)上尉(驾驶第二架F-104A)都没有看见他，直到他即将降落，那样他也许会安全离开，但是我猜想他的个人更加安全。蚊蚋是一种相当小的飞机，即便是在能见度很好的情况下也很难在远处被发现。”
当天的能见度很差，而且根据锡坎德所述，这架蚊蚋的无线电、罗盘和液压系统明显都失效了(需要靠手动放下起落架)，而且它撞上了废弃的帕斯鲁尔(Pasrur)机场跑道末端的护栏。锡坎德在这里被俘虏了，很明显他不知道自己降落在了巴基斯坦，但是非常清楚当时F-104A就出现在他的身边。巴基斯坦空军的人员检查了这架蚊蚋后没有发现任何问题(阿三啊……Σ( ° △ °|||)︴)。
在接下来的48小时里，星战斗机在印度的一些机场上做了一些高速目视侦察，为接下来48小时里佩刀轰炸印度机场提前建立起对印度飞机的处置方案。一些印度空军的猎人和神秘4飞行员第一次见到了星战斗机，而且同样发现驾驶亚音速的飞机去拦截它也是徒劳的。后来，F-104A为巴基斯坦空军第20中队的少量的RT-33A照相侦察机提供高空掩护，安全地保护它们不受400节速度以下飞行物的拦截，但是得通过频繁的机动来抵消两者之间的速度差。
1965年的拉合尔上空，一支巴基斯坦空军第9中队的F-104A四机编队正在飞行中。
巴基斯坦空军的2架F-104B同样也被派去执行侦察任务，在很低的高度上以600节的速度咆哮着飞行，经常在B-57B的轰炸任务发起前飞行。照片由后座机组成员用手持的相机拍摄，一些时候甚至让飞机倒过来飞。尽管这样的侦察效果无法和携带专业吊舱的F-104G相比，但是星战斗机在低空固有的稳定性却提供了一些极为有用的照片。法鲁克.乌马尔就是其中一名执行这种危险任务的飞行员：
“手持式照相机也同样被使用了，而且默文.米德尔科特上尉、阿富塔布.阿拉姆(Aftab Alam)上尉和我驾驶着双座飞机去拍照，我们同样还尝试过使用一台像移补偿相机，而且我是其中一名测试它的飞行员。它工作得很好，在高速下距离地面150英尺的低空上分辨率也很清晰。”
其中一架F-104B后来在后座上安装了3台TA7M相机(一台垂直和2台倾斜的)，然而这样的配置没有在实战中使用，因为当时已经订购了3架幻影IIIRP侦察机。这些任务导致巴基斯坦空军建议从萨戈达派遣F-104A挂载4个副油箱飞行350英里，在低空去扫射印度空军的机场，然而，绝大多数被巴基斯坦空军摧毁的印度飞机都是于第31联队的B-57B堪培拉夜间轰炸行动中消灭的。
总的来说，“狮鹫”中队的飞行员们注意到印度空军允许星战斗机从其机场上飞过，没有试图去拦截。在萨戈达，有很多报告都围绕着猎人和神秘飞行员避免与第9中队的战斗机交战，使得他们没有机会参与空战。F-104A在低空的战斗机会最多，爬高了以后，大主翼面积的印度空军猎人和蚊蚋将使得他们占有机动优势。