在8月，以色列高射炮击落了一架型号不明的埃及喷气机，飞行员在埃及领土上成功跳伞。9月12日，埃及高射炮宣称击落了一架以色列幻影(但当天的以色列幻影没有损失记录)，而埃及海军也找到了反击的机会，在10月21日击沉了以色列海军的旗舰。而作为报复，以色列的火炮轰击了苏伊士市，同时以色列的飞机轰炸了亚历山大和塞得港的海军设施，之后没多久，马德库尔.伊兹辞职了。很多空军内部的人都认为，马德库尔辞职是因为让他的飞行员过于畅所欲言，结果遭到了苏联顾问的批评。
11月3日，穆斯塔法.兴纳维(Mustafa Shalabi el-Hinnawy)接替伊兹成为了新的空军司令，他自1948年起开始驾驶喷火。从约旦的阿拉伯联合空军司令部回来后，兴纳维被授予高级职务，来分析埃及灾难性失败的原因，而伊兹则负责重整阿拉伯联合共和国空军。在兴纳维的监督下进行了复杂的重组，内有紧张的训练、新的基地、加固的飞机掩体。这一系列的重组明显是基于现有系统或者是现有系统的延续，来给埃及的机场赋予编号。它不是指代单独的中队或者航空旅，而是指代着使用某种特定型号的飞机，以及驻扎在一座特定基地内的单位。有的时候组建了一支完整的航空旅，而其它时候则是一支航空旅下属的一支或多支中队被分散部署在2座机场内。这种系统也许仅可以被用于防空层面的策划，因为它看起来对于作战飞行员而言是未知的。针对以色列的作战行动也仅被限于侦察飞行，但偶尔也会发生交战。
萨米尔.阿齐兹.米哈伊尔(Samir Aziz Mikhail)是一位埃及的基督徒，也是埃及空军经验最丰富的米格-21战斗机飞行员之一，拥有2个击落战果和一个击伤战果，照片中，他坐在一架米格-21MF里，时间可能是1973年。
埃及现在开始接收一些更新型号的米格-21，但是这些型号的改进不是很明显。米格-21PFS拥有一台新发动机和额外的油箱，这改善了机动性并提高了航程，但仍旧没有航炮，还是没法作为一款格斗战斗机。然而，阿拉伯联合共和国空军正在进行本地化的改装，一些，也许是绝大多数的米格-21FL和米格-21PF都在机腹下安装了一台GP-9双管23mm航炮吊舱，这些吊舱也可能是从印度弄来的，同样追加的还有对地攻击火箭发射巢。最后，为了提高飞机的航程，技术员们研发了一种更大的副油箱，而且后来苏联人也采用了。
埃及人同样还需要更加复杂的航空侦察照相机，因此英国的文顿公司提供了远程倾斜照相吊舱，它的外形是基于一架米格-21的中线副油箱而设计的。从1968年起，埃及的米格-21和苏-7就开始使用它们。
埃及剩下米格-19的降级用于内部防空，这被现代的苏联评论员们认为是个错误，它也许更适合为亚音速的米格-17攻击机提供近距离护航支援，因为它比起短主翼的米格-21拥有更好的格斗机动性。
消耗战争期间很少见的一张埃及战斗机飞行员照片，这架米格-21MF是1969年末交付的第一批的其中一架，飞机上涂有这段时期埃及空军采用的“老虎纹”迷彩。这架飞机的编号和飞行员的脸都被涂掉了，但猜测可能是8472或8473。
尽管偶尔发生冲突，但1968年却是阿拉伯联合共和国空军的准备时期，到了年底，据估计有115架米格-21和80多架米格-19具备了作战能力。如果后面的数字是可靠的，那么埃及人一定从叙利亚和伊拉克那里收到了米格-19。这些飞机于1969年在卡福尔道德(Kafr Daud)组成了第137中队(有时候被描述为一支预备役或者训练中队)，或者也许是一个普通的航空旅。埃及的战斗机部队此时估计拥有2只全天候战斗机中队和13支昼间战斗机中队，其中一些都是刚组建的。六日战争快要结束时从阿尔及利亚抵达的6架米格机也被还回去了，剩下的被一笔勾销。
埃及防空军在1968年作为一支不同的军种而成立，仿照的是苏联国土防空军，而埃及防空军旗下也有几支米格-21中队。他们被分布在不同的放空区内，而且和高射炮及地空导弹一起部署。这些飞机由联合指挥站(UCP)指挥，后者与前线的雷达网络相连接。他们在战斗机拦截和对地攻击任务上都显著地加强了防空能力。当以色列幻影飞行员们依赖于火力强大的航炮时，埃及的米格-21飞行员们在训练中依赖于一种自动拦截系统，被称之为空气-1。尽管它的理论很好，但在实际的练习、训练这种导弹优化的系统时效果却相差甚远，而且深深地影响到了阿拉伯的飞行员们。如果他们不选择使用空气-1，那么他们的“眼睛和手”就短了很多。
1968年9月8日，埃及陆军开始了纳赛尔计划中与以色列对抗的进攻阶段，用火炮沿着苏伊士运河轰击。这些行动得到了空中侦察的支援，而埃及的米格-21则在后方保护返航中的侦察机。但是在10月23日于伊斯梅里亚(Ismailiya)上空爆发了一场空战，埃及人声称击落了3架幻影，而以色列人否认了(幻影的损失记载详见《战斗中的以色列空军幻影III&V" 》附表)。27日，在埃及的大规模炮击过后，以军直升机搭载的突击队袭击了埃及境内深处的目标。
埃及空军的米格-21PFM，编号6154，隶属于第45中队，采用的迷彩在60年代末至70年代初被埃及空军广泛使用。
11月3日，在苏伊士运河北部上空发生了一场空战，当时4架以色列飞机越过了边境，最后遭到了4架米格-21的拦截。其中一架幻影被击伤，而且无法和其他的队友呆在一起，于是被埃及的高射炮火逮住，并在坎塔拉上空被打爆。这也许是阿拉伯联合共和国空军米格-21飞行员萨米.马雷(Sami Marei)少校、易卜拉欣.哈马德(Ibrahim Hamad)中尉、艾哈迈德.努尔丁(Ahmad Nur el-Din)上尉、艾哈迈德.阿提夫(Ahmed Atef)参与的那场空战，而埃及陆军的地面部队目击了萨米.马雷的战果(以色列方面的记载是一架幻影被击伤，而且当天没有幻影损失记录，从天火01至天火99都有详细的服役记录记载，这也是赋予飞机编号时能够追查下落的最好途径，相反那些编号含糊不清的，不是“掩耳盗铃”地遮羞，就是一次性“玩具”)。
一个新的航空旅系统在1969年的上半年被采用，这样，在英萨斯和曼苏拉(Mansourah)的战斗机旅分别被命名为第102旅和104旅，而第三支战斗机中队111旅驻扎在埃及上游的本尼苏耶夫(Beni Sueif)。第102和104旅负责前线战斗拦截，但不是所有中队都能够达到这样的反应速度。其中最好的就是第26中队，这也是一支精英中队，他们的非正式称呼是“黑乌鸦”，另一支精英中队是英萨斯的第25中队。
埃及米格-21最大的问题就是无法及时地去拦截入侵者，因为以色列飞机只在埃及领空短暂停留。而且尼罗河三角洲和开罗的雷达站都设在低地上，所以没有机会来发现这样的攻击。如果把米格-21派到这样的地方上，他们自己也可能会遭到以色列人的伏击。