VMFA-251中队跟随CVW-1联队驻扎在约翰.肯尼迪号上，他们于1999年末取代了CVW-2联队及VMFA-323中队，前者同样在南部守望行动中使用了炸弹和导弹。2000年3月至5月间，约翰.斯坦尼斯号及其搭载的CVW-9联队接手南部守望行动，联队里的3支大黄蜂中队之一就是VMFA-314中队，这是他们第二次随该联队出海巡航。部署期间的亮点由中队的马克.克里斯汀森(Mark Christenson)上尉在2000年秋季的《尾钩(Hook)》杂志中总结道：
"'黑骑士'中队的飞行员们向伊拉克的军事目标扔下了一些激光制导炸弹和新型GBU-31联合直接攻击弹药，而南部守望行动也不像过去那么激烈，每个人因为在伊拉克可能展开潜在的快速反应空袭而变得幸福。偶尔有一些时候，VMFA-314中队的飞行员和其它CVW-9联队的机组们起飞去轰炸西南亚联合特遣队发现的实时伊拉克军事目标。通过使用精确制导武器，'黑骑士'飞行员们投弹离开后被证明直接命中目标，而他们被认定摧毁几座伊拉克地空导弹阵地。"
1000磅的GBU-16B/B是南部守望行动中的最佳武器，直到第一枚JDAM于1999年末在战区内出现。尽管装备了几架首批可以挂载JDAM的大黄蜂，但VMFA(AW)-121中队在驻扎于贾贝尔基地的3个月时间里扔下了大量的激光制导炸弹。
南部的冲突一直到新千年还在持续，2000年3月至2001年3月间，联军在伊拉克上空飞行的10000多个架次里就有500多次遭到高射炮或者地空导弹的攻击。作为对这种攻击性行为的回应，联军飞机自2001年1月1日起一共开火了60多次。美军和英军的飞机在其中38次里扔下了炸弹，其中最为广泛的一次打击于2001年2月16日由哈里.杜鲁门(USS Harry S Truman CNV-75)号上的CVW-3联队发起，轰炸了5个指挥管制和通信中心(C3I)。
2001年4月星座号来到北阿拉伯湾上替换了哈里.杜鲁门号，而VFMA-323中队再次随CVW-2联队参与南部守望行动----这支中队在6年间的第4次类似的部署。由于极少预见高射炮，因此这支中队在北阿拉伯湾上的4个月飞行相当地平静。
2002年12月VMFA-323中队再次随CVW-2联队来到北阿拉伯湾上之后则明显不一样，这就是有史以来对全球恐怖主义最具毁灭性的信号。2001年9月11日，就在星座号完成其为期6个月的海外部署返回加州北岛的母港前，基地组织劫持了2架民航客机并撞向纽约的世贸中心，还有一架撞向了五角大楼。小布什总统接下来对恐怖分子的宣战使得第5舰队迅速地将航母战斗群调离南部守望行动的作战岗位，向东前往阿拉伯海和印度洋，以支援在阿富汗展开的持久自由行动。
大量的参与这场冲突的战术空中力量都是由舰载机组成的，他们在没有海岸线的阿富汗上空要飞行8至10个小时。美国海军在近十年以来首次近乎停止了在南部守望行动禁飞区上空的作战飞行。
岸上的南部守望任务
尽管陆战队的绝大多数南部守望任务都是由航母上的单座F/A-18C完成的，但是在2000年3月，装备F/A-18D的VMFA(AW)-121中队自沙漠风暴行动后首次返回战区，其中一名参与了这次非同寻常的部署的机组就是武器系统官查尔斯.多克里上尉，他告诉作者：
"我们在科威特从3月驻扎到9月，所有的任务都是从科威特的贾贝尔基地发起的，进入战区里替换一支A-10中队，我们和空军的一支F-16中队驻扎在一起，因此整个行动主要都是由空军负责的，我们在联合空中作战中心的旗下作为A-10的替代，但是我们的能力更加多样化。
2000年3月，VMFA(AW)-121中队成为了中央司令部旗下第一支于南部守望行动中使用实弹的陆战队中队。他们在战区里呆了3个月，而且驻扎于科威特的贾贝尔，他们到伊拉克南部上空一共完成了287个起落架次，向库特、巴士拉、萨马瓦、卡拉特苏卡尔、努米纳耶、萨特拉的高射炮和雷达阵地使用了JDAM、JSOW、激光制导炸弹、HARM反辐射导弹。挂载了AIM-7M、AIM-120C和AIM-9M，这些VMFA(AW)-121中队的飞机正在伊拉克上空执行防御性防空任务。
"该中队起初被派到科威特去执行A-10的战斗搜索和救援(CSAR)任务，但是同样也具备了JSOW和JDAM的使用能力，这些武器在南部守望行动中还是很新的。确实，当时的F-15E和F-16还无法使用JDAM，这意味着联合空中作战中心只能让北阿拉伯湾上的舰载机来使用。因此，尽管我们的主要任务的战斗搜索和救援，我们同样也在进入伊拉克的时候用JDAM轰炸目标。
"我们在战区里的这段时间都很平静，所有的战斗都发生于1999年，然后到2001年再度重演！然而，我们的中队比在2001至02年间接替我们的陆战队大黄蜂中队执行的南部守望行动任务还要多。我使用了相当数量的JDAM、JSOW和激光制导炸弹，但是HARM导弹的数量很少。这样的任务在南部守望行动中很少发生，你在某些时候收到控制或者遭到射击，但绝大多数时间里都没有。你偶尔会用一枚炸弹去报复，但通常还是会带着炸弹返回基地。"
接下来前往贾贝尔基地执行战斗搜索和救援任务的陆战队中队是VMFA(AW)-225中队，他们于2001年抵达战区，随队部署的其中一名武器系统官就是爱德华.巴雷特上尉，他回忆道：
"我们被派往科威特而不是像平常一样被派往意大利或者土耳其，我们在战区里扔下了2枚JDAM，就是这样的。尽管这次部署从总体上说是波澜不惊的，可这意味着在我们抵达科威特之前，我们中的绝大多数人都已经熟悉了联合空中作战中心是如何展开南部守望行动的。"
最后2支参与南部守望行动的陆战队中队是VMFA(AW)-332中队和VMFA-212中队，他们于2002年4月从前进部署的日本岩国基地向科威特贾贝尔基地派出了6架F/A-18D和6架F/A-18C组成的混合机群。两支中队都在科威特与本土驻扎地之间进行人员轮换，这是第一次也是唯一一次以这样的方式来运作一支分遣队。