伊拉克空军的战斗机威胁
尽管在战争的第一个晚上消灭了8架伊拉克战机，但1月19日带来的不受欢迎的消息就是伊拉克空军的战斗机仍然在活动中。2架EF-111A在卡伊姆(Al Qaim)附近为一支猎杀飞毛腿的F-15E提供保护，当12架攻击鹰抵达时，一架米格-25PD成功地穿过F-15C组织的保护墙并发射了3枚R-60红外格斗弹。2架EF-111A均通过下降至低空的方法躲开了导弹，他们不得不把F-15E扔在一边(由于错乱的指令，2架F-4G野鼬鼠机也迟到了)，最后一架F-15E被地空导弹击落。
当天有2架米格-25(比F-15C飞得快)和2架米格29被击落，但是在麦克.麦克尔维(Mike Mckelvey)上尉和马克.强斯(Mark Chance)上尉及僚机詹姆斯.麦戈文(James McGovern)上尉和威尔.沃德(Will Ward)上尉于哈巴尼耶(Al Habbaniyah)机场上空盘旋等待投弹时，一架米格-29向前面那支机组发射了一枚导弹，由于他们的领队长机在加油时和加油机相撞，加上副领队的座机遭遇了机械故障，结果四机编队变成了双机编队，2架F-111F在巡逻的F-15C就位前就抵达了巴格达上空，但他们选择继续将任务执行下去。他们成功地利用干扰箔条和垂直脱离甩掉了米格-29的导弹，还炸坏了伊拉克人的跑道，两支机组均因此而获得银星勋章。
另一次任务发起前，地勤人员对这架492TFS中队的F-111F进行最后一次地面检查。
如果48TFW(P)联队的机组不得不去面对米格机组，在有利情况下，他们就会使用飞机上自带的AIM-9P导弹。拉瑞.彼得斯上校于1974年在埃格林基地测试了这种导弹：
"我们向一架BQM无人靶机发射导弹，三发三中。2架被击落，另一架只差了几英尺。我们后来发现F-111是极好的响尾蛇发射平台，因为低垂的挂架。我们将其称为'自由天空'，这意味着机身或者主翼产生的干扰很少。"
尽管偶尔会遭遇伊拉克战斗机，但全权负责保护攻击编队的是F-15C，它们的存在只是让伊拉克的米格机飞行员撤退到安全的距离外，而不是去攻击联军的轰炸编队。这就证明了美军获得了制空权，F/EF-111机组们有干扰箔条、镁光弹以及在低空使用地形跟踪雷达的防御措施----沙漠风暴行动期间反制伊拉克战斗机已经足够有效。
然而F/EF-111机组却没有准备好空战，他们的飞机在战斗中缺乏机动性，一些F-111E/F飞行员在沙漠风暴行动后转去驾驶F-15E时在训练中发现空战元件使用起来很困难，因为F-111基本没有安装。
在战争的第一个晚上摧毁了伊拉克战斗机的行动能力后，任务策划者下令之前被挂到F-111F上用于自卫的AIM-9P被卸下来。随着绝大多数的战斗机、指挥管制中心、地空导弹阵地于头几个晚上被摧毁，使得F-111F在12000至20000英尺高度之间飞行成为了可能，以"三角形"的盘旋位置投掷激光制导炸弹，为旁边的飞机照射诸如飞机掩体之类的目标。
1月18日，当伊拉克向以色列发射飞毛腿导弹后(可能装有化学武器弹头)，接下来的计划就是让F-111F和F-117炸毁底格里斯河和幼发拉底河上的三座大坝，把巴格达淹掉。接下来是摧毁伊拉克18座藏有生化武器的掩体。F-117用GBU-27炸开掩体，跟在后面的F-111F接着扔下CBU-89，在病菌孢子扩散到大气中之前将其全部烧死。
第一个晚上，F-111F在萨尔曼帕克(Salman Pak)的目标确实是一个生化弹头的储存设施，里面放有炭疽孢子。这就需要48TFW(P)联队的机组穿上整套防化服来保护他们，带上防毒面具并打开飞机上的空调。F-111F的"Ram"小队到低空投放CBU-89，以570节速度从目标掩体上空飞过，在F-117A炸开掩体后将伊拉克人和炭疽孢子隔开。地空导弹和高射炮的火力尤为猛烈，其中包括了致命的SA-6和SA-8，绝大多数都被F-4G野鼬鼠搞定，剩下闯进来的幻影F.1也被巡逻的F-15C击落。
塔伊夫基地里，高级机械师安德鲁.帕尔默(Andrew Palmer)正在使用炸弹装载器来给一架494TFW联队的F-111F挂载一枚2000磅的炸弹。
经过5个多小时的飞行回到塔伊夫后，4架F-111F的机组不得不留在座舱里，座舱的内饰和他们的防化服由防化队清洗，这些人也穿着防化服，以免被炭疽杆菌污染。讽刺的是，F-117A由于天气太糟而没有抵达目标上空，因此没有孢子污染。
其它像隐藏有飞毛腿或者类似导弹的掩体也遭到了F-111F的轰炸，F-111E/F和F-16C的搜索雷达无法确认并识别在掩体外诸如飞毛腿B导弹和MAZ-543发射车这样的一类小目标，因此，任务落在了装有先进合成孔径雷达的F-15E肩上。尽管最终没有结果，可是"猎杀飞毛腿"在1月21日之前都是最高优先级别的，沃登上校计算到萨达姆规模巨大的空军将于第一个星期内计划动用300架飞机轰炸特拉维夫和利雅得。沃登修正了他针对伊拉克空军的战术，如果没有被消灭，他害怕会遭遇一次"空中春节攻势"。
美国人还认为在联军突入科威特的时候，伊拉克人可能会突然使用生化武器，虽然沃伦起初名单上的大部分目标都在战争的头两个晚上被摧毁，但机场和飞机储存设施再次成为了联军攻击机的焦点，20至24架F-111经H-2空军基地轰炸了阿萨德(Al Asad)机场。
在沙漠风暴行动的第一个晚上，48TFW(P)联队的飞行员就已经轰炸了阿里.萨勒姆基地的飞机掩体，他们将铺路大头钉吊舱对准机库的大门进行照射----炸弹从不同高度以最大的离轴角投放。美国海军的A-6E和A-7E中队起初参与了更新后的机场打击计划，但是在1月23日对阿里.萨勒姆机场的攻击中发现他们的AGM-62白星眼炸弹只是蹭掉了几块水泥而已，这些海军飞机很快就被部署到别的地方去了。
由于这些科威特飞机掩体的坚固结构，F-111机组起初遭遇了同样的问题，但他们很快就实施了一种被称之为"连续奇迹"的战术来克服这种障碍。这种战术就是将一枚GBU-24穿透炸弹垂直落向飞机掩体的正中央，把整个顶部炸飞，第二枚炸弹在百分之一秒后落下，从洞里钻进去，把机库里的东西炸毁----通常都是一架伊拉克战斗机。巨大的二次爆炸通常指出在掩体里一架满油满弹正在待命中的飞机被炸毁。伊拉克人很快就学乖了，他们在白天把飞机藏在掩体里，晚上当F-111F轰炸掩体时又把飞机拖出来。
1月23日，只有一次轰炸机场的任务因为低空的云层导致铺路大头钉吊舱无法使用而被取消，迫使20架F-111F带弹返航。
在战争的早期阶段，F-111F通常只挂载了2枚GBU-10，但更平常的是GBU-10和CBU-24的混挂，如果恶劣天气下无法使用铺路大头钉吊舱，飞机就会挂载带BSU-10减速伞的Mk84炸弹。
1月末，机场的攻击又重新开始，在战争的第二阶段或者地面战斗开始前从各个方向协同打击，两次通场轰炸时每一次向一座飞机掩体扔下2枚炸弹。之后没多久，伊拉克考虑到这样下去空军会被完全摧毁，于是就把残存的飞机转移到伊朗。然而，还是有几架飞机在逃跑途中被F-15击落或者被F-111F炸毁在基尔库克附近的图兹库马图(Tuz Kurmatu)，伊拉克人在那里将油料和飞机藏在掩体或者居民区里。
F-111F 70-2412主翼下挂载的一枚GBU-15教练弹，弹头可以是一般电视图像的也可以是红外图像的，弹体尾部的数据链单元和AN/AXQ-14数据链吊舱搭配使用，使得武器系统官可以直接遥控炸弹直接命中目标。此外，这种武器还可以预先锁定目标直接投放，通过自身的遥控命中目标，使得F-111在受到攻击前就撤离目标区域。
尽管绝大多数的激光直到炸弹都是从高空投放的，可是在炸弹撞击目标前的最后一秒时仍然可以有效地被激光引导。风力的干扰更加显著，但是激光制导炸弹(尤其是铺路III)可以轻松地克服这种困难，照射点周围的尘土、烟雾和碎片也没有什么影响。然而"连续奇迹"的思维与生产厂商(德州仪器公司)的口号----"一枚炸弹，一个目标"相反----对于他们的铺路III而言，然而，它们对造假数百万的坚固飞机掩体产生了巨大的破坏，也让伊拉克人的士气低下，同样还把铺路大头钉拍摄下的画面播放给全世界的媒体。在一次投弹中，一名武器系统官可以两次重新定向炸弹的着弹点，因为他看见一架F-111F的炸弹已经将目标炸毁，于是便将激光转移至下一个目标。
总的来看，联军飞机平均每使用4枚激光制导炸弹便可以摧毁一座飞机掩体，但有时数量会增长至8枚或者更多----部分是由于任务策划者根据轰炸损伤评估照片无法判断目标的损伤程度，于是下令再度攻击，只有很少的目标被一枚炸弹摧毁，即便使用BLU-109/B这样的穿透性弹体也没有改变。塔里尔(Talil)基地就是这样的一个目标，里面的每个飞机掩体至少被2枚炸弹击中过，其中有一个被7枚炸弹炸过。整个战争期间有375个飞机掩体遭到了轰炸，其中245个(附带有旁边和里面的141架飞机)被F-111F摧毁。
除了在1986年4月交付使用的先进的铺路III激光制导炸弹，使其能随F-111和F-117在沙漠风暴中首次露面以外，很多德州仪器公司的铺路I和铺路II激光制导炸弹也在战争中大量使用，铺路I使用的是固定弹翼，而铺路II使用的是折叠弹翼，增加了投放距离并提升了精度。它们的引导是按照"大满贯"的原则来执行的，弹翼将完全偏转，或者在机鼻前的一个方向上完全偏转，引导炸弹于60秒的下落时间中飞行，然后再完全偏转至另一个方向来修正飞行路线，并一直继续下去。弹道下方的人将会听到炸弹的响声，而"砰"的一声很快就用完了炸弹的能量。因此，武器系统官更倾向于先让炸弹下落一半以上的距离，然后再用激光指示。
铺路III用固定引导头取代了之前型号的万向引导头，可以在低空激烈的机动中扔下，而且拥有一个更灵巧、自动飞行的辅助系统，GBU-10J/B使用了GBU-10的弹尾和弹翼，但弹体穿透部是BLU-109的。
虽然在战争中强调了激光制导炸弹的使用，但联军空军总投弹量的92%依旧是铁炸弹。恶劣的天气和能见度的低下也是造成影响的因素之一，而且精确制导武器的价格也更高(在军火采购清单里，8%的精确制导武器占据了84%的价格)。激光制导炸弹的库存很少，可伊拉克的战略目标却很多。