苏联人的破坏
从1975年起，苏联克格勃据称对山羊项目发起了一场心理战，希望阻止任何合同的敲定。克格勃显然利用伊朗反对巴列维政府的马克思主义和共产主义团体散布有关该项目的虚假信息，包括声称该项目将监控伊朗的电话通讯，特别是反对派学生的电话通讯，以此来为伊朗情报局(SAVAK)发现并识别批评巴列维政府的异议人士。由于苏联人未能阻止山羊项目的第119号和第120号合同继续进展，因此他们又采用了一种新的策略来破坏该项目，其中涉及一个名为伊朗人民圣战组织(又称MEK、MKO和PMOI)的伊朗伊斯兰马克思主义恐怖组织(红绿杂交？)。据称，据称在约旦、黎巴嫩和利比亚接受巴勒斯坦解放组织训练的武装分子被指派去暗杀参与该项目的罗克韦尔国际公司的关键人员。
随后，1976年8月28日，据报道，伊朗人民圣战组织在前往德黑兰东南部的杜桑塔佩(Doshan Tappeh)工作时，暗杀了罗克韦尔国际公司的三名雇员，威廉.科特雷尔(William C Cottrell)、罗伯特.克罗格拉德(Robert R Krongrad)和唐纳德.史密斯(Donald G Smith)。据称，这三人并不是唯一在伊斯兰革命前被伊朗人民圣战组织暗杀的美国公民，另外还有四人被杀，其中两人与山羊项目有关。为了防止更多美国公民死亡，包括与该项目有关的人员，伊朗空军在这些人于空军基地外的日常活动中为他们指派了保镖。
两伊战争
与伊拉克的战争始于1980年9月22日，当时梅赫拉巴德机场的TFB1基地遭到伊拉克空军米格-23的空袭，一架F-4E、一架C-130E和一架波音707-3J9C(5-8302号机)在地面被摧毁。袭击发生之前，伊朗伊斯兰共和国空军被新政权削弱了，超过80%的官员被解雇、逮捕甚至处决。作为回应，伊朗空军司令部从各空军基地疏散了所有未受保护的飞机，特别是TFB1和TFB7基地的运输机。在第一次空袭期间，波音707 5-8306号机受到轻微损坏，机身上有320个弹孔，是由常规炸弹的破片造成的。1986年，伊朗飞机工业公司对其进行了翻新和维修。
2012年7月19日，TAB1基地内3号停机坪上排列的是5-8304(前)、5-8301和5-8302(前伊朗航空公司)号机。
据萨达姆.侯赛因的情报部门称，两伊战争爆发时，伊朗空军的现役有12架波音707-3J9C，其中10架在伊朗，另外两架(5-8305和5-8307号机)与山羊项目相关的电子情报飞机由于美国对伊斯兰教新政权的武器禁运而存放在德克萨斯州。没有关于最后两架5-8313和5-8314号机的交付记录，有传言称它们至今仍被美国扣押。
KC-707被用于支援F-14在哈克岛附近油田和波斯湾地区北部海岸的24小时战斗空中巡逻。所有深入伊拉克领空的F-4和RF-4远程任务都得到了由F-14A保护的KC-707的支援。米格-23、苏-22和幻影F.1等伊拉克空军战斗轰炸机伪装成KC-707的雷达返回信号去攻击德黑兰、阿拉克和许多其它重要城市，因为加油机在完成空中加油任务后会返回梅赫拉巴德机场。
1979年2月11日政权更迭后，山羊项目被取消。然而，1982年6月1日，伊朗国防部向德黑兰公共法院提出了对E-Systems公司的索赔。在这种情况下，国防部寻求一项裁决，要求E-Systems归还属于伊朗武装部队的两架波音707以及合同中所述的一整套设备。1984年3月，美国政府允许E-Systems交付一架波音707-3J9C，此机自1979年以来一直存放在格林维尔，编号为5-8307。它还没有配备任何情报收集系统。这架飞机在通过苏黎世转场至伊朗之前已完全非军事化。在瑞士，它刷上了EP-NHA民用注册号。
第二架波音707-3J9C(编号5-8305)的交付被推迟，直到其完全非军事化。1984年5月6日，它在苏黎世国际机场飞往伊朗途中被发现，民用注册号为EP-NHB。1997年，5-8305和5-8307号机的编号分别改为5-8316和5-8317，因为已决定将5-8305与5-8307的编号分配给伊朗航空公司运营的两架最近退役的波音707-386C，伊朗空军随后将其用于货运和客运航班。