9月26日，梅赫拉巴德的伊朗空军司令部下令对伊拉克的沿岸港口和码头展开另一轮空袭。11TFS中队又派出了2架完全具备作战能力的F-4D，挂载着GBU-10去轰炸巴士拉。他们成功地击中了港口，但是在返回德黑兰的途中被海军的RIM-66地空导弹阵地击落，机组阵亡。
数天后在伊拉克空军轰炸德黑兰的一次行动中，一架11TFS中队正在待命警戒的F-4D起飞拦截，却被德黑兰附近的一座MIM-23B地空导弹阵地击落。该中队在战争的前几个月里就损失了5架完全具备作战能力的F-4D。
在1980年9月至1982年间，11TFS中队的F-4D和12TFS中队的F-4E主要负责德黑兰上空的战斗空中巡逻任务，但是有的时候也被前进部署到TFB.3诺杰和TFB.4瓦赫达提基地参与空袭或近距离空中支援任务。
F-4D 3-6714号机是第一架完成“杜兰”工程升级的机体，注意机背和机腹上的2根白色刀型天线，指代这新的中国造仪表助降系统，同样的天线也被安装在伊朗空军的米格-29上。
1982年4月19日，11TFS中队参与了“幽灵3”行动。在此期间，伊朗空军支援地面部队去重新占领霍拉姆沙赫尔省。12架F-4D被前进部署到瓦赫达提基地，为地面部队提供近距离空中支援。在此期间，伊朗空军的F-4、F-5、F-14和地空导弹阵地击落了55架伊拉克战机，而自身只损失了4架F-4E和3名飞行员，另有3人被俘。行动中，高射炮和地空导弹击伤了2架11TFS中队的F-4D，两架飞机的机组们均成功降落在瓦赫达提和TFB.5欧米迪耶基地。其中一架是3-6711号机(美国空军编号68-6913)，被高射炮击伤后紧急迫降，之后在梅赫拉巴德被修好。另一架被一枚地空导弹击中内部油箱，降落在瓦赫达提后因为烧伤过重而直接报废。这次行动在1982年5月末结束，而伊朗军获得了全面成功。
在战争的后期阶段，11TFS中队的F-4D数量显著地减少了，绝大多数剩下的机体也只具备部分作战能力，武器和雷达/火控系统无法使用。飞机一般都由于缺少零配件而被停飞，或者正在伊朗飞机工业公司的厂房里大修。
不少于5架伊朗空军的F-4D停放在一起确实很壮观，由于机群的数量不超过10架，把这样一支机群派出去执行任务是一个相当的壮举。
战争于1988年夏结束，只有大约半数的F-4D幸存下来。曼苏尔.萨塔里(Mansur Sattari)准将成为了伊朗空军司令，他在1988年下令把12TFS中队所有的F-4E都交给诺杰的31TFS中队，11TRS中队的所有RF-4E也都被转移到诺杰基地，并将番号改为31TRS中队。到了1988年9月，梅赫拉巴德只剩下了一支战术训练中队，手里只有几架F-4D，还有一些被放在地面上，等待大修。伊朗空军计划用新采购的米格-29来重组11TFS中队，因此，所有剩下的F-4D都被转移到查巴哈尔旁边的科纳拉克基地，组建了101TFS中队。
2012年1月19日，91TFS中队的F-4E 3-6541准备起飞，测试C-802A导弹与AN/APQ-120雷达的融合性。
TFB6布什尔
布什尔空军基地是伊朗伊斯兰共和国最重要的空军基地之一，通常将其称作为沙希德.雅西尼(Shahid Yassini)基地/第6战术战斗机基地(TFB6)。TFB6基地建立在波斯湾北部一个富饶的半岛上，基地的设施在美国和以色列的帮助下于70年代完成建设。它建筑的结构和类型就是按照一座重要基地来设计的，目的是为了保护哈克岛上至关重要的石油出口设施，同样也为了保护波斯湾北部的工业设施。
在之后的几年里，空军和海军就进驻了，在布什尔周围附近又建立起了一个座早期预警雷达站，安装有美制AN/FPS-100远程搜索雷达，还有一部马可尼的辅助监控雷达。这个雷达站由两座装备有MIM-23B霍克I地空导弹的导弹阵地保护着，每座阵地拥有5个导弹发射架掩体。这些防空部队同样也装备了不少于24门ZSU-23-2高射炮，布什尔地区的整个防空系统被整合到西部空域控制区，能够监视伊朗海岸线以外超过200千米的整个北波斯湾的洋面和空域。
1973年，基地刚完成不久，就有一支F-4D中队和两支F-5A中队进驻布什尔基地。然而，在1974年，又有一支新的作战单位建立起来，这就是61TFW联队，此联队下辖3个中队，61TFS、62TFS和63TFS中队，所有的这三支中队都使用更加先进的F-4E。
2013年9月25日，TFB.1梅赫拉巴德机场的一场庆祝仪式上，F-4E 3-6649挂载了一枚C-801K导弹，国防部在这天正式宣布伊朗正在专利生产空射型的C-801K和C-802反舰导弹。
伊朗空军总是能够优先察觉到飞行训练和武器训练的重要性，是TFB6基地具备作战能力的速度从一开始就进展得很快。这3支驻扎在布什尔的鬼怪II中队平均每天起降20余架次，飞行员平均每年保持在240至300飞行小时，其中包括实弹训练。至少有4架装备了AIM-7E-2麻雀中距弹、AIM-9P响尾蛇格斗弹和AN/ALQ-101电子对抗吊舱的鬼怪II处在24小时待命值班状态下。很快，装备RF-4E的11TRS中队也被部署至布什尔，他们的侦察任务区覆盖整个波斯湾。
情况在1979年伊斯兰革命爆发后产生了戏剧性的变化，但特别是在1980年6月伊朗空军针对新政府发动的诺杰政变失败后，许多布什尔基地的军官和飞行员也受到牵连，他们被捕、被清洗被迫提早退休甚至被处决，和其它的空军基地一样，TFB6基地得着手解决飞行员数量不足的问题。接下来的几个月里，几乎没有什么飞行任务，只有少数的几架F-4E保持在作战状态，但从另一方面说，雷达站的那部马可尼雷达已经有好几年没有使用过，但是在革命后就立刻开始运转起来。
2008年9月，泰伯利兹的一次演习中，F-4E 3-6634正在发射一枚R-73E红外格斗弹。
