3. 阿里山三号
为了替换老旧的RF-84F“雷闪”侦察机，1963年开始执行的“阿里山三号”计划为第六战术侦察大队下辖的第12侦察中队换装8架RF-104G侦察机，机号为5626、5628、5630、5632、5634、5636、5638、5640，此外还有2架TF-104G教练机，机号4146、4147。由于第12中队的训练和作战使用强度很高，这一批次的飞机在截止1983年为止的20年间先后坠毁6架RF-104G和1架TF-104G。其中1977年坠毁数量最多，达3架。12中队幸存的2架RF-104G在分别改为4401和4402号后加入第3大队序列，也先后在1986和1989年坠毁，只有早先转往第3大队28中队的4147号幸存至1988年11月服役满6000飞行小时后核定退役，可谓是全军覆没！
SEA涂装时期的5630号机
“阿里山三号”移交飞机列表
| 型号 | 台空军编号 | 美军机尾序列号 | 备注 |
|---|---|---|---|
| RF-104G | 5626 |
56-12241 |
1969.03.20因机械故障坠毁 |
| 5628―4401 |
56-12242 |
1989.03.28因机械故障坠毁 | |
| 5630 |
56-12243 |
1980.12.16因飞行员空间迷向坠毁 | |
| 5632―4402 |
56-12244 |
1986.12.01坠海，原因不明 | |
| 5634 |
56-12245 |
1980.07.04因发动机熄火坠毁 | |
| 5636 |
56-12246 |
1977.03.02因天气恶劣坠毁 | |
| 5638 |
56-12248 |
1977.05.02坠海，原因不明 | |
| 5640 |
56-12249 |
1977.03.02因天气恶劣坠毁 | |
| TF-104G | 4146 |
62-12271 |
1982.05.25坠海，原因不明 |
| 4147 | 61-3030 | 12中队/3大队28中队服役，1988.11.02退役后展示于清泉岗基地。 |
4. 阿里山四号
第三支换装F-104的战斗机中队是第3大队28中队。该中队从1964年9月起收到由“阿里山四号”计划所提供的23架F-104G和1架TF-104G。这些F-104编号情况为：4304、4306、4308、4311、4324-4337、4340、4348、4349、4360、4361（F-104G）和4149（TF-104G）。其中9架单座F-104G为加拿大生产的CF-104。
由于第28中队在换装初期人员素质不如第7中队，因此前者在截止1966年秋最初的两年中居然连续摔掉6架机号分别为4324、4326、4327、4328、4329、4330号的飞机！最终“阿里山四号”所获飞机在整个服役期中总计在事故中损失大半，只有3架CF-104、2架F-104G和1架TF-104G挨到了平安退役。
4304号机在70年代SEA涂装（图1远处）和晚期灰色空优涂装（图2最近的一架）不同时期的照片。图2拍摄时该机隶属第28中队，故垂尾上有28中队徽章。
“阿里山四号”计划移交飞机列表
注：4304号曾于1971.08.24降落时前起落架破损，飞机硬着陆受损后修复
| 型号 | 台空军编号 | 美军机尾序列号 | 备注 |
|---|---|---|---|
| F-104G | 4304 | 62-12254 | 1996年退役后拆解 |
| 4306 | 62-12247 | 在地面遭友机机炮走火误击重伤，于1996.08.08宣布报废。 | |
| 4308 | 62-12256 | 在7中队序列内退役后于90年代解体 | |
| 4311 | 62-12214 | 1975.08.29因副翼失效坠毁 | |
| 4324 |
62-12224 |
1966.04.28重落地后报废 | |
| 4325 |
62-12225 |
1967.04.19因降落失败坠毁 | |
| 4326 |
62-12226 |
1965.07.20与4328号相撞坠毁 | |
| 4327 |
62-12227 |
1965.11.24夜航撞山坠毁 | |
| 4328 |
62-12228 |
1965.07.20与4326号相撞坠毁 | |
| 4329 |
62-12229 |
1965.10.18夜航坠海，原因不明 | |
| 4330 |
62-12230 |
1966.05.24夜航坠毁，原因不明 | |
| 4331 |
62-12231 |
1968.12.04因发动机吸入外物坠毁 | |
| CF-104 | 4332 |
62-12338 |
退役后展示于清泉岗基地 |
| 4333 |
63-12728 |
1971.11.20因人为失误进入螺旋，无法改出后坠毁 | |
| 4334 |
62-17760 |
1976.07.25坠海，原因不明 | |
| 4335 | 62-17761 | 1967.08.25因发动机失火坠毁 | |
| 4336 | 62-17762 | 1975.09.18因发动机失火坠毁 | |
| 4337 |
62-17763 |
1990年（具体日期不详）损毁报废 | |
| 4340 |
62-17767 |
1990.12.17紧急起飞失败后报废 | |
| 4348 |
62-17774 |
退役后在空军保修指挥部旧址展出 | |
| 4349 |
62-17775 |
1996年退役后解体 | |
| F-104G | 4360 | 61-2607 | 1971.05.15因超过限制过载解体 |
| 4361 | 61-2608 | 1976.02.11因发动机熄火坠毁 | |
| TF-104G | 4149 | 61-3026 | 1988年（具体时间不详）退役后解体 |
摄于1986年的4306号机，可见其灰色涂装
编队飞行的第3大队机群，其中4332和4349来自“阿里山四号”
